LXL04_025521 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025521

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 112910938-112912572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1368 bp · LXL04_025521|LXL04_025521|OH1004|cDNA

ATGGATGCAGGATCTGTAAGTTCTTCGGCTACCAAGTCACACTCACGATGCCCCCTTAAGGAGCAATTCCTTCAAAGAAAAAACTCCCGAGAAAACTTGGATAGATTCATACCAAACAGATCAGCCATGGATTTCGATTACGCTCATTACATGCTTACGGAAGCCAAAAAAGGTAACGAAAATCTAACAGCGAGCTCACCGTCAAAGGAAGCATACAGGAAGCATTTAGCAGATAGCTTCAACATGAACCGCACAAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · LXL04_025521|LXL04_025521|OH1004|CDS

ATGGATGCAGGATCTGTAAGTTCTTCGGCTACCAAGTCACACTCACGATGCCCCCTTAAGGAGCAATTCCTTCAAAGAAAAAACTCCCGAGAAAACTTGGATAGATTCATACCAAACAGATCAGCCATGGATTTCGATTACGCTCATTACATGCTTACGGAAGCCAAAAAAGGTAACGAAAATCTAACAGCGAGCTCACCGTCAAAGGAAGCATACAGGAAGCATTTAGCAGATAGCTTCAACATGAACCGCACAAGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · LXL04_025521|LXL04_025521|OH1004|PROTEIN

MDAGSVSSSATKSHSRCPLKEQFLQRKNSRENLDRFIPNRSAMDFDYAHYMLTEAKKGNENLTASSPSKEAYRKHLADSFNMNRTRILAFKNKPPTPTDAIPNECSTSFQQSKPVKARRNIPQTSERTLDAPEILDDYYLNLLDWGSSNVLAIALSNTVYLWDATDGNTSELVTVDDESGPVTSVKWAPDGRHISIGLNNSDIQLWDSTSNRLLRTLKGGHQSRVGSLDWNNHILTTGGMDGRIVNNDVRIRSHIIETYT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025521`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025521

位置 Chr05:112910938-112912572 (+)

描述 Similar to CDC20-1: Cell division cycle 20.1, cofactor of APC complex

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33270`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At4g33260`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At5g27570`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At5g26900`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At5g27080`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:1905786 positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005680 anaphase-promoting complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0033597 mitotic checkpoint complex 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0010997 anaphase-promoting complex binding 分子功能

GO:0019900 kinase binding 分子功能

GO:1990757 ubiquitin ligase activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33260

ath:AT4G33270

ath:AT5G26900

ath:AT5G27080

ath:AT5G27570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.529

排名 1 · LXL04_025521 · OH-1004

细胞质0.417

排名 2 · LXL04_025521 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 3 · LXL04_025521 · OH-1004

溶酶体／液泡0.051

排名 4 · LXL04_025521 · OH-1004

高尔基体0.041

排名 5 · LXL04_025521 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz129-426 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st140-232 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st143-244 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st149-293 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2149-232 aa

PF24796.2WDR55149-257 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd149-286 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st149-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025521	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	129	426	2.5e-124	415.0
LXL04_025521	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	140	232	1e-23	84.7
LXL04_025521	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	143	244	1.4e-14	54.6
LXL04_025521	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	149	293	4.1e-37	128.7
LXL04_025521	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	149	232	3.4e-21	76.5
LXL04_025521	`PF24796.2`	WDR55	149	257	6e-16	59.1
LXL04_025521	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	149	286	3.5e-12	47.0
LXL04_025521	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	149	230	6.8e-11	42.8
LXL04_025521	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	150	292	1e-12	48.5
LXL04_025521	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	150	341	4.9e-07	30.2
LXL04_025521	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	151	250	4.8e-37	128.2
LXL04_025521	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	151	269	1.8e-15	57.6
LXL04_025521	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	152	292	6.4e-43	147.4
LXL04_025521	`PF24814.2`	WD40_Prp19	152	229	1e-29	104.2
LXL04_025521	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	154	223	4.5e-34	118.8
LXL04_025521	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	166	246	7.3e-10	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZA4`	拟南芥	Cell division cycle 20.1, cofactor of APC complex	77.948%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7I8`	拟南芥	Cell division cycle 20.2, cofactor of APC complex	79.412%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E906`	拟南芥	Cell division cycle 20.5, cofactor of APC complex	69.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q4PSE4`	拟南芥	Cell division cycle 20.4, cofactor of APC complex	66.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7H3`	拟南芥	Cell division cycle 20.3, cofactor of APC complex	66.591%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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