LXL04_025133 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025133

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 106624612-106625901 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

753 bp · LXL04_025133|LXL04_025133|OH1004|cDNA

ATGGAGATTGATCCACATAATCCAGAAGGTGAAGCGGACAAAATTGTGATGGTTAAGGACGACGATCTCTTCAGAGCCGCCGACAACGGCGACGTTTCATTTTTCCAGTCCCTTCCTCAGCCACAGCTGCTACGTTGTCTCGCTCTTCGTAACGAAGACGGACGATCGCTACTTCATGTCTCCGTTTCGTCAGCCCGCACCGAGGTGGTGAAGATACTCGCAGCTTTTGATCAATCAATCAGTGGCATTAACGATGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

753 bp · LXL04_025133|LXL04_025133|OH1004|CDS

ATGGAGATTGATCCACATAATCCAGAAGGTGAAGCGGACAAAATTGTGATGGTTAAGGACGACGATCTCTTCAGAGCCGCCGACAACGGCGACGTTTCATTTTTCCAGTCCCTTCCTCAGCCACAGCTGCTACGTTGTCTCGCTCTTCGTAACGAAGACGGACGATCGCTACTTCATGTCTCCGTTTCGTCAGCCCGCACCGAGGTGGTGAAGATACTCGCAGCTTTTGATCAATCAATCAGTGGCATTAACGATGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

250 aa · LXL04_025133|LXL04_025133|OH1004|PROTEIN

MEIDPHNPEGEADKIVMVKDDDLFRAADNGDVSFFQSLPQPQLLRCLALRNEDGRSLLHVSVSSARTEVVKILAAFDQSISGINDADEEGWAPLHSAASCGNVEIVKILLDRGADVNLKNDGGRTALHYAASKGWVKLAEILLSNGAKINSKDKACNVGCTPLHRAASTGKSEICELLIEEGADIDAVDRAGQTPIMSAVICYNKEVALLLIRHGADVDVEDKEGYTVLGRASDEFRPILIDAAKAMLEG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025133`
TK1151 ID	TkA06G079020
OH-1004 ID	LXL04_025133
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025133`
位置	Chr05:106624612-106625901 (+)
描述	Similar to psmD10: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025133` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程 GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0043409 negative regulation of MAPK cascade 生物过程 GO:0045737 positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程 GO:0070682 proteasome regulatory particle assembly 生物过程 GO:0000502 proteasome complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0289189 hsa:5716 mmu:53380 rno:116722 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · LXL04_025133 · OH-1004

细胞核0.497

排名 2 · LXL04_025133 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 3 · LXL04_025133 · OH-1004

线粒体0.047

排名 4 · LXL04_025133 · OH-1004

内质网0.041

排名 5 · LXL04_025133 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_223-120 aa

PF13637.13Ank_459-110 aa

PF13857.13Ank_584-130 aa

PF13606.13Ank_389-117 aa

PF00023.37Ank90-121 aa

PF13637.13Ank_4101-134 aa

PF13857.13Ank_5109-154 aa

PF12796.14Ank_2118-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025133	`PF12796.14`	Ank_2	23	120	1.3e-41	141.7
LXL04_025133	`PF13637.13`	Ank_4	59	110	8.8e-34	115.5
LXL04_025133	`PF13857.13`	Ank_5	84	130	2e-30	105.2
LXL04_025133	`PF13606.13`	Ank_3	89	117	1.5e-33	111.3
LXL04_025133	`PF00023.37`	Ank	90	121	6.7e-43	143.0
LXL04_025133	`PF13637.13`	Ank_4	101	134	8.8e-34	115.5
LXL04_025133	`PF13857.13`	Ank_5	109	154	2e-30	105.2
LXL04_025133	`PF12796.14`	Ank_2	118	189	1.3e-41	141.7
LXL04_025133	`PF00023.37`	Ank	123	154	6.7e-43	143.0
LXL04_025133	`PF13606.13`	Ank_3	123	150	1.5e-33	111.3
LXL04_025133	`PF13637.13`	Ank_4	127	179	8.8e-34	115.5
LXL04_025133	`PF13857.13`	Ank_5	154	196	2e-30	105.2
LXL04_025133	`PF00023.37`	Ank	159	190	6.7e-43	143.0
LXL04_025133	`PF13606.13`	Ank_3	159	187	1.5e-33	111.3
LXL04_025133	`PF13637.13`	Ank_4	173	212	8.8e-34	115.5
LXL04_025133	`PF13857.13`	Ank_5	178	229	2e-30	105.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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