LXL04_024987 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024987

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 103556900-103559968 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1645 bp · LXL04_024987|LXL04_024987|OH1004|cDNA

ATGGCGACATACAAGCTCGCAGCGATCATCAGAAACTCTACCAATAACGACGAATTCCTTCTCGTTAAGCAAACTCCGCCCCCCAAATACGATGACCAAGAATACGACTCGTTTGCTGACTCCACACTCTGGGACTTGCCGTCAGCGAAATTGACCTCGCTATCACCGGAATCAGATTCATCTACTCAACTCGTACTGCAAGGTGAAGAATCGTGTTTGCATAAGCTCAATTTCAGGAAATTTGATCTTCTTTCAGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · LXL04_024987|LXL04_024987|OH1004|CDS

ATGGCGACATACAAGCTCGCAGCGATCATCAGAAACTCTACCAATAACGACGAATTCCTTCTCGTTAAGCAAACTCCGCCCCCCAAATACGATGACCAAGAATACGACTCGTTTGCTGACTCCACACTCTGGGACTTGCCGTCAGCGAAATTGACCTCGCTATCACCGGAATCAGATTCATCTACTCAACTCGTACTGCAAGGTGAAGAATCGTGTTTGCATAAGCTCAATTTCAGGAAATTTGATCTTCTTTCAGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

493 aa · LXL04_024987|LXL04_024987|OH1004|PROTEIN

MATYKLAAIIRNSTNNDEFLLVKQTPPPKYDDQEYDSFADSTLWDLPSAKLTSLSPESDSSTQLVLQGEESCLHKLNFRKFDLLSALAEVLGQVGLESVTGVDWKFLKYVEEPNFGPGFPIQTVYVTADLVLNNLKDTCQWSSIEICSNMLVQVKPGNDRVGPLVVNGQLNNSIQSDSLKLPPTLSCQEYPPGVNIVPMGSKTQRPFHTTNIIVFSSRNNHDKYETSHFVAQGDAMIVDPGCRSEFNKELAEIVAALPRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024987`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_024987`
位置	Chr05:103556900-103559968 (+)
描述	Similar to lactb2: Endoribonuclease LACTB2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024987` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能 GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0016787 hydrolase activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:535021 dme:Dmel_CG12375 rno:297768 xla:495268 xtr:779879 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.459

排名 1 · LXL04_024987 · OH-1004

细胞核0.231

排名 2 · LXL04_024987 · OH-1004

线粒体0.209

排名 3 · LXL04_024987 · OH-1004

过氧化物酶体0.117

排名 4 · LXL04_024987 · OH-1004

质体0.100

排名 5 · LXL04_024987 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00753.34Lactamase_B230-351 aa

PF17778.8WHD_BLACT425-461 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024987	`PF00753.34`	Lactamase_B	230	351	4.6e-08	34.0
LXL04_024987	`PF17778.8`	WHD_BLACT	425	461	5.7e-06	26.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情