LXL04_024894 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024894

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 101620933-101623226 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1230 bp · LXL04_024894|LXL04_024894|OH1004|cDNA

ATGGCTTTTAATTCCTTACGAACTTCCATCAACTGCTTTCTCTCTCTACATCAAACCTTCTCCTTCACTCGGTCTTCTTACAACAACATTATCAAATCAGAATCACTTTCATCCACGCACTCCACACCGATTATTATAGCGACTTATGTATATCCTAACTGGGAATCCCTTTTTACAGCAAATATGGAGTCCCAACGACCTTGTCTATTAGTGCTAAGTGGAAAATCAGAACGCGAGAAGGAATTCGCAAGGTCTTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1230 bp · LXL04_024894|LXL04_024894|OH1004|CDS

ATGGCTTTTAATTCCTTACGAACTTCCATCAACTGCTTTCTCTCTCTACATCAAACCTTCTCCTTCACTCGGTCTTCTTACAACAACATTATCAAATCAGAATCACTTTCATCCACGCACTCCACACCGATTATTATAGCGACTTATGTATATCCTAACTGGGAATCCCTTTTTACAGCAAATATGGAGTCCCAACGACCTTGTCTATTAGTGCTAAGTGGAAAATCAGAACGCGAGAAGGAATTCGCAAGGTCTTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

409 aa · LXL04_024894|LXL04_024894|OH1004|PROTEIN

MAFNSLRTSINCFLSLHQTFSFTRSSYNNIIKSESLSSTHSTPIIIATYVYPNWESLFTANMESQRPCLLVLSGKSEREKEFARSLKESSSLKLADDVKLQTCLQMERQSEKDEFNIDTYMDSLETSCFGRFALWSPLLPSTQDIVSLNFFDIPIGSVCIADVQFKGRGRSQNVWESPKGTLLFSFTMQMEDGGVVPLVQYVVCLAMTEAIKDLAIRNGIPPLDVRIKWPNDLYLNGLKVGGILCASTYQSKIFNISAGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024894`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024894

位置 Chr05:101620933-101623226 (-)

描述 Similar to HCS1: Biotin--protein ligase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25710`	在生物素依赖性羧化酶生物素化中起主要作用。	Dual targeting of Arabidopsis holocarboxylase synthetase1: a small upstream open reading frame regulates translation initiation and protein targeting.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.111534
`At1g37150`	似乎对植物中生物素依赖性羧化酶生物素化没有影响或影响有限。	Dual targeting of Arabidopsis holocarboxylase synthetase1: a small upstream open reading frame regulates translation initiation and protein targeting.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.111534

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006768 biotin metabolic process 生物过程

GO:0042966 biotin carboxyl carrier protein biosynthetic process 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0070781 response to biotin 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005652 nuclear lamina 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G37150

ath:AT2G25710

hsa:3141

mmu:110948

spo:2540476

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.373

排名 1 · LXL04_024894 · OH-1004

细胞质0.274

排名 2 · LXL04_024894 · OH-1004

线粒体0.243

排名 3 · LXL04_024894 · OH-1004

细胞核0.121

排名 4 · LXL04_024894 · OH-1004

过氧化物酶体0.107

排名 5 · LXL04_024894 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03099.25BPL_LplA_LipB137-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024894	`PF03099.25`	BPL_LplA_LipB	137	263	3.4e-30	105.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SL92`	拟南芥	Biotin--protein ligase 1, chloroplastic	53.385%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I4W2`	拟南芥	Biotin--protein ligase 2	55.682%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情