LXL04_024837 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024837

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 100163602-100172587 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3558 bp · LXL04_024837|LXL04_024837|OH1004|cDNA

atgggtgcccgtgaaccagatcccaaactgttggcaatagaaacagagttcatgttggaGTCGGTTACTGTAGCAGCCGGGTACTGTTCACGTCCGGGTTCGGTTGATGAGTCGTTGCCGAGCACTGTTCATCGTAGCCGAGTGGTGTCCGAGAAAAGTAGTCGCTGGCCGAGAATGGCCGAGAATGCCGATCAGGCATATCGTCGAACACATGGTGTGCGTGGGTGTTGGTCGAGCAGTGTCCGAGATCTTTGGTTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3558 bp · LXL04_024837|LXL04_024837|OH1004|CDS

ATGGGTGCCCGTGAACCAGATCCCAAACTGTTGGCAATAGAAACAGAGTTCATGTTGGAGTCGGTTACTGTAGCAGCCGGGTACTGTTCACGTCCGGGTTCGGTTGATGAGTCGTTGCCGAGCACTGTTCATCGTAGCCGAGTGGTGTCCGAGAAAAGTAGTCGCTGGCCGAGAATGGCCGAGAATGCCGATCAGGCATATCGTCGAACACATGGTGTGCGTGGGTGTTGGTCGAGCAGTGTCCGAGATCTTTGGTTGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1185 aa · LXL04_024837|LXL04_024837|OH1004|PROTEIN

MGAREPDPKLLAIETEFMLESVTVAAGYCSRPGSVDESLPSTVHRSRVVSEKSSRWPRMAENADQAYRRTHGVRGCWSSSVRDLWLRLAFVRVVAELAFHRAGGVHEDLGRCRAVSEVVPGKLGRCRGSITSSTWCASAVSEKFGRCRGRDRVVPRMCRWCPSKAWSLSGRHFNKHLVGMGELERVAGHGSGSWAWARGLDSENEAMEKTCTLLVHFDKGTPALANEIKEALEGNDDAAKIDAMKKAVMLLLNGETLPQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024837`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024837

位置 Chr05:100163602-100172587 (-)

描述 Similar to At4g31480: Coatomer subunit beta-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31480`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At4g31490`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0174000`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os01g0281400`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024837 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

GO:0005198 structural molecule activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31480

ath:AT4G31490

dosa:Os01g0281400

dosa:Os11g0174000

dpo:4814235

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.501

排名 1 · LXL04_024837 · OH-1004

高尔基体0.315

排名 2 · LXL04_024837 · OH-1004

细胞核0.212

排名 3 · LXL04_024837 · OH-1004

溶酶体／液泡0.137

排名 4 · LXL04_024837 · OH-1004

细胞膜0.132

排名 5 · LXL04_024837 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602.27Adaptin_N226-674 aa

PF07718.19Coatamer_beta_C875-1013 aa

PF14806.12Coatomer_b_Cpla1019-1140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024837	`PF01602.27`	Adaptin_N	226	674	2e-90	304.6
LXL04_024837	`PF07718.19`	Coatamer_beta_C	875	1013	3.1e-56	189.8
LXL04_024837	`PF14806.12`	Coatomer_b_Cpla	1019	1140	3.8e-53	179.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV21`	拟南芥	Coatomer subunit beta-1	83.405%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SV20`	拟南芥	Coatomer subunit beta-2	82.976%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53PC7`	水稻	Coatomer subunit beta-1	79.424%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JNK5`	水稻	Coatomer subunit beta-2	77.908%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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