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基因概览

LXL04_024817

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 99486550-99489176 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1035 bp · LXL04_024817|LXL04_024817|OH1004|cDNA

TTGGTGATCGCCGACGAATCAAGGAAAGCGATAACTGAGATGCAAGGAGGAGAAAAAGAAGCTCAACGATACGTGTGGGACGGTGCAATTCCGCTGCAAGTTCATCTTCACGACTCCGAAGTCACCACTCTACCGCCGCCTCCGCCTGCTCTGATCCTAGCTCCACGAATAGGATACCTACCTCTGTTATCTTCACAACTCAAGCCGTTCTTTAGTGGTGCACTTCCTCCTGGAGTAGACACTGTCTGGTTTGAGTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · LXL04_024817|LXL04_024817|OH1004|CDS

TTGGTGATCGCCGACGAATCAAGGAAAGCGATAACTGAGATGCAAGGAGGAGAAAAAGAAGCTCAACGATACGTGTGGGACGGTGCAATTCCGCTGCAAGTTCATCTTCACGACTCCGAAGTCACCACTCTACCGCCGCCTCCGCCTGCTCTGATCCTAGCTCCACGAATAGGATACCTACCTCTGTTATCTTCACAACTCAAGCCGTTCTTTAGTGGTGCACTTCCTCCTGGAGTAGACACTGTCTGGTTTGAGTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

344 aa · LXL04_024817|LXL04_024817|OH1004|PROTEIN

MVIADESRKAITEMQGGEKEAQRYVWDGAIPLQVHLHDSEVTTLPPPPPALILAPRIGYLPLLSSQLKPFFSGALPPGVDTVWFEYKGLPLKWYIPTGVLFDLLCAEPERPWNLTVHFRGYPGNILIPCDGEDSVKWSYINSLKEAAYIIHGSSKNVMNMSQPDQVELWRSVINGKLETYNRISSKLKLGVMTDDFSEKINPSLKPQHTGNETEPTAPLKASRIPVRLYVWSVDQDFEDLEAVPHFESWDQISYINRPVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024817`
TK1151 ID	TkA06G105850
OH-1004 ID	LXL04_024817
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.221 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024817

位置 Chr05:99486550-99489176 (-)

描述 Similar to ATG5: Autophagy protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17290`	自噬所需。	Autophagic nutrient recycling in Arabidopsis directed by the ATG8 and ATG12 conjugation pathways.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.060673 Stromal protein degradation is incomplete in Arabidopsis thaliana autophagy mutants undergoing natural senescence.2013 · DOI: 10.1186/1756-0500-6-17 Organ-specific quality control of plant peroxisomes is mediated by autophagy.2014 · DOI: 10.1242/jcs.139709

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X052`	自噬所需。	暂无已核实直接文献
`Os02g0117800`	自噬所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024817 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0001974 blood vessel remodeling 生物过程

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0002718 regulation of cytokine production involved in immune response 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0010040 response to iron(II) ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G17290

dosa:Os02g0117800

hsa:9474

mmu:11793

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · LXL04_024817 · OH-1004

细胞核0.254

排名 2 · LXL04_024817 · OH-1004

高尔基体0.163

排名 3 · LXL04_024817 · OH-1004

溶酶体／液泡0.118

排名 4 · LXL04_024817 · OH-1004

内质网0.106

排名 5 · LXL04_024817 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20638.4ATG5_UblA25-118 aa

PF20637.3ATG5_HBR132-188 aa

PF04106.19ATG5_UblB223-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024817	`PF20638.4`	ATG5_UblA	25	118	8.4e-29	100.8
LXL04_024817	`PF20637.3`	ATG5_HBR	132	188	5.6e-24	84.4
LXL04_024817	`PF04106.19`	ATG5_UblB	223	331	1.6e-21	77.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFI2`	拟南芥	Autophagy protein 5	61.446%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2X052`	水稻	Autophagy protein 5	54.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZGL4`	水稻	Autophagy protein 5	53.994%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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