LXL04_024693 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024693

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 96736401-96738055 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1218 bp · LXL04_024693|LXL04_024693|OH1004|cDNA

ATGTTATCAACATTGATAAACTTTCTAAAAGCCTGCTGGCGACCCTCGGAGCGTTACCCATACACCACTTCCGACACCGCCGGCAAGCAAGAAGGTCTTCTTTGGTATAAAGACATCGGTCAGCATTTAAATGGCGAGTTCTCAATGGCGGTGGTTCAAGCTAACATGTTACTCGAAGATCAAAGCCAGATTGAATCCGGCTCATTAAGCTTTCTCGATTCTGGCCCATACGGAACTTTTATCGGCGTCTACGACGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1218 bp · LXL04_024693|LXL04_024693|OH1004|CDS

ATGTTATCAACATTGATAAACTTTCTAAAAGCCTGCTGGCGACCCTCGGAGCGTTACCCATACACCACTTCCGACACCGCCGGCAAGCAAGAAGGTCTTCTTTGGTATAAAGACATCGGTCAGCATTTAAATGGCGAGTTCTCAATGGCGGTGGTTCAAGCTAACATGTTACTCGAAGATCAAAGCCAGATTGAATCCGGCTCATTAAGCTTTCTCGATTCTGGCCCATACGGAACTTTTATCGGCGTCTACGACGGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

405 aa · LXL04_024693|LXL04_024693|OH1004|PROTEIN

MLSTLINFLKACWRPSERYPYTTSDTAGKQEGLLWYKDIGQHLNGEFSMAVVQANMLLEDQSQIESGSLSFLDSGPYGTFIGVYDGHGGPETSRYVNDHLFQNLKRIATEQQSMSVDVIQKAFHATEEGFVSIVAKQWIVKPQLAAVGSCCLVGVICNGVLYIANAGDSRAVLGRVVKATGEIIAIQLSTEHNASIESVRQELHRLHPDDPQIVVLKHNVWRVKGLIQISRSIGDVYLKKAEFNREPLYAKFRLRDPIRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024693`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024693

位置 Chr05:96736401-96738055 (+)

描述 Similar to Os06g0717800: Probable protein phosphatase 2C 60

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51370`	可能去磷酸化并抑制质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响。	暂无已核实直接文献
`At4g38520`	对质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2）去磷酸化并抑制，从而负向影响植物生长和适应性。	暂无已核实直接文献
`At5g66080`	可能去磷酸化并抑制质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0717800`	可能是蛋白磷酸酶2C 60。	暂无已核实直接文献
`Os03g0137200`	可能的蛋白磷酸酶 2C 28。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024693 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1900036 positive regulation of cellular response to heat 生物过程

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51370

ath:AT4G38520

ath:AT5G66080

dosa:Os03g0137200

dosa:Os06g0717800

osa:4331548

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.337

排名 1 · LXL04_024693 · OH-1004

细胞质0.280

排名 2 · LXL04_024693 · OH-1004

细胞核0.184

排名 3 · LXL04_024693 · OH-1004

内质网0.144

排名 4 · LXL04_024693 · OH-1004

高尔基体0.109

排名 5 · LXL04_024693 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C79-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024693	`PF00481.27`	PP2C	79	323	7.3e-40	138.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD12`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 46	76.178%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5PNS9`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 64	70.707%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKX4`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 79	74.479%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z8P0`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 60	75.128%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10S32`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 28	71.250%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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