LXL04_024606 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024606

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 95066656-95068239 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1419 bp · LXL04_024606|LXL04_024606|OH1004|cDNA

ATGGCGGCGACTCGTCGTGAAATTTTCCCGGTGACGCCGACGCTGTTGTCGCTGGTGGCGGCTTATGCCCCACAGTACACCCATGTCTTGCTCTTTCTTGTCTCAACGTTTAACCTCTCCCCTGAACTCCTATACAATATCTTCGCCGCCGTCCGACGCTACTGGAAACCTATTCCTAAATCCACAAAACTCACTCTCGTCTTCAAAGAGAAAGACGGCCTGGTCTCAAACCAGATGTTCCACGCCGCCGAAGCTTTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1419 bp · LXL04_024606|LXL04_024606|OH1004|CDS

ATGGCGGCGACTCGTCGTGAAATTTTCCCGGTGACGCCGACGCTGTTGTCGCTGGTGGCGGCTTATGCCCCACAGTACACCCATGTCTTGCTCTTTCTTGTCTCAACGTTTAACCTCTCCCCTGAACTCCTATACAATATCTTCGCCGCCGTCCGACGCTACTGGAAACCTATTCCTAAATCCACAAAACTCACTCTCGTCTTCAAAGAGAAAGACGGCCTGGTCTCAAACCAGATGTTCCACGCCGCCGAAGCTTTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

472 aa · LXL04_024606|LXL04_024606|OH1004|PROTEIN

MAATRREIFPVTPTLLSLVAAYAPQYTHVLLFLVSTFNLSPELLYNIFAAVRRYWKPIPKSTKLTLVFKEKDGLVSNQMFHAAEAFLGTKVNPNSRRLRITKSVKEDSINVKFAKSEAIVDSFEGMSLAWRYVIVEGKQKGPRVGGVKPEKKYIELVFEKEHKETVIKSYLPWILEKSKELEAQKKVVKLHNLQWPCTKKESVNLDHPSTFDTLALEPEMKKTITDDLDLFLRRRDFYKKVGKVWKRGYLLYGPPGTGKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024606`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024606

位置 Chr05:95066656-95068239 (-)

描述 Similar to At5g17730: AAA-ATPase At5g17730

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17730`	AAA-ATP酶 At5g17730。	暂无已核实直接文献
`At5g17760`	AAA-ATP酶 At5g17760。	暂无已核实直接文献
`At2g18193`	AAA-ATP酶 At2g18193。	暂无已核实直接文献
`At2g18190`	AAA-ATP酶 At2g18190。	暂无已核实直接文献
`At3g50940`	AAA-ATP酶 At3g50940。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18190

ath:AT2G18193

ath:AT3G50940

ath:AT5G17730

ath:AT5G17760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.387

排名 1 · LXL04_024606 · OH-1004

细胞核0.278

排名 2 · LXL04_024606 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_024606 · OH-1004

内质网0.091

排名 4 · LXL04_024606 · OH-1004

质体0.081

排名 5 · LXL04_024606 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14363.12AAA_assoc52-133 aa

PF00004.36AAA249-385 aa

PF25568.1AAA_lid_At3g28540388-457 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024606	`PF14363.12`	AAA_assoc	52	133	2e-16	60.9
LXL04_024606	`PF00004.36`	AAA	249	385	3.7e-19	70.2
LXL04_024606	`PF25568.1`	AAA_lid_At3g28540	388	457	2.6e-21	76.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN78`	拟南芥	AAA-ATPase At5g17730	45.770%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN75`	拟南芥	AAA-ATPase At5g17760	45.992%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GW96`	拟南芥	AAA-ATPase At2g18193	46.608%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IQG2`	拟南芥	AAA-ATPase At2g18190	48.026%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q147F9`	拟南芥	AAA-ATPase At3g50940	50.123%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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