LXL04_024299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 86739548-86744109 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1110 bp · LXL04_024299|LXL04_024299|OH1004|cDNA

ATGAATATTGATCGGCCGACCATGGTGGGGAATCTGGTGGTGGACATGCCGATCATGCACGACAGTGACCGGTACGATTTTGTTCGGGATATCGGGTCGGGTAATTTCGGGGTAGCAAGGCTTATGAGAGATAAGCAGACCACAGAGCTTGTTGCAGTTAAGTATATCGAGAGAGGGGAAAAgaTAGATGAAAATGTTCAAAGAGAGATTATTAATCATAGGCCTTTGAGACATCCTAATATCGTCCGGTTTAAAGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · LXL04_024299|LXL04_024299|OH1004|CDS

ATGAATATTGATCGGCCGACCATGGTGGGGAATCTGGTGGTGGACATGCCGATCATGCACGACAGTGACCGGTACGATTTTGTTCGGGATATCGGGTCGGGTAATTTCGGGGTAGCAAGGCTTATGAGAGATAAGCAGACCACAGAGCTTGTTGCAGTTAAGTATATCGAGAGAGGGGAAAAGATAGATGAAAATGTTCAAAGAGAGATTATTAATCATAGGCCTTTGAGACATCCTAATATCGTCCGGTTTAAAGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

369 aa · LXL04_024299|LXL04_024299|OH1004|PROTEIN

MNIDRPTMVGNLVVDMPIMHDSDRYDFVRDIGSGNFGVARLMRDKQTTELVAVKYIERGEKIDENVQREIINHRPLRHPNIVRFKEVILTPTHLAIVMEYVSGGELFDRICNAGRFSEDEARFFFQQLISGVSYCHAMQVCHRDLKLENTLLDGSLAPRLKICDFGYSKSSVLHSQPKSTVGTPAYIAPEVLARQEYDGKIADVWSCGVTLYVMLVGGYPFEDPNEPRDFRKTIHRILEVQYSIPENIEISPECRHLLSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024299`
TK1151 ID	TkA06G155750
OH-1004 ID	LXL04_024299
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024299

位置 Chr05:86739548-86744109 (-)

描述 Similar to SRK2E: Serine/threonine-protein kinase SRK2E

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33950`	可能激活脱落酸信号通路，参与干旱、黑暗及高 CO₂ 等条件下的气孔关闭。	Use of infrared thermal imaging to isolate Arabidopsis mutants defective in stomatal regulation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01322.x Arabidopsis OST1 protein kinase mediates the regulation of stomatal aperture by abscisic acid and acts upstream of reactive oxygen species production.2002 · DOI: 10.1105/tpc.007906 ABA-activated SnRK2 protein kinase is required for dehydration stress signaling in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf188 Cytoplasmic alkalization precedes reactive oxygen species production during methyl jasmonate- and abscisic acid-induced stomatal closure.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.032250 The regulatory domain of SRK2E/OST1/SnRK2.6 interacts with ABI1 and integrates abscisic acid (ABA) and osmotic stress signals controlling stomatal closure in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m509820200 The identification of genes involved in the stomatal response to reduced atmospheric relative humidity.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.03.028 Identification of features regulating OST1 kinase activity and OST1 function in guard cells.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.079327 Plant stomata function in innate immunity against bacterial invasion.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.06.054 Ozone-triggered rapid stomatal response involves the production of reactive oxygen species, and is controlled by SLAC1 and OST1.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04159.x
`At5g66880`	与 SRK2D 一起，是脱落酸信号通路的关键成分和激活剂，可调节多种 ABA 反应，例如种子发芽、Pro 积累、根生长抑制、休眠和幼苗生长，以及较小程度的气孔关闭。	Identification of two protein kinases required for abscisic acid regulation of seed germination, root growth, and gene expression in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048538
`At3g50500`	与 SRK2I 一起，是脱落酸信号通路的关键成分和激活剂，可调节多种 ABA 反应，例如种子发芽、Pro 积累、根生长抑制、休眠和幼苗生长，以及较小程度的气孔关闭。	Identification of two protein kinases required for abscisic acid regulation of seed germination, root growth, and gene expression in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048538

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0764800`	可能在高渗应答信号转导中起作用（可能）。	ABA Regulates Subcellular Redistribution of OsABI-LIKE2, a Negative Regulator in ABA Signaling, to Control Root Architecture and Drought Resistance in Oryza sativa.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv154
`Os03g0610900`	可能在高渗反应的信号转导中发挥作用。	ABA Regulates Subcellular Redistribution of OsABI-LIKE2, a Negative Regulator in ABA Signaling, to Control Root Architecture and Drought Resistance in Oryza sativa.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv154

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50500

ath:AT4G33950

ath:AT5G66880

dosa:Os03g0610900

dosa:Os03g0764800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.590

排名 1 · LXL04_024299 · OH-1004

细胞核0.464

排名 2 · LXL04_024299 · OH-1004

细胞膜0.139

排名 3 · LXL04_024299 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 4 · LXL04_024299 · OH-1004

线粒体0.050

排名 5 · LXL04_024299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase25-280 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr27-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024299	`PF00069.32`	Pkinase	25	280	1.8e-72	244.6
LXL04_024299	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	277	4.2e-33	115.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940H6`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2E	77.353%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39193`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2I	75.410%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39192`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2D	75.698%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7Y0B9`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK8	79.193%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75H77`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK10	77.778%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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