LXL04_024288 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024288

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 86438985-86451914 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4218 bp · LXL04_024288|LXL04_024288|OH1004|cDNA

ATGAGAAGCACCGGAGAAGATCAGAAGCATTTTGTTCTCGTGCACGGTGCATGCCATGGCGCTTGGTGCTGGTTCAAGGTCAAACCTCTTCTTGAGGCTGCCGGCCACCGTGTCTCCGCCTTTGATCTCTCAGCCTCCGGCACAAACACCAGAATGATACAAGATGTCTCTACAGTTGCCGATTACAGTATGCCGTTGCTGGAATTCATGGCCACCATTCCGCCGGAGGAGAAGGTGGTGCTTGTCGGACATAGTCTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4218 bp · LXL04_024288|LXL04_024288|OH1004|CDS

ATGAGAAGCACCGGAGAAGATCAGAAGCATTTTGTTCTCGTGCACGGTGCATGCCATGGCGCTTGGTGCTGGTTCAAGGTCAAACCTCTTCTTGAGGCTGCCGGCCACCGTGTCTCCGCCTTTGATCTCTCAGCCTCCGGCACAAACACCAGAATGATACAAGATGTCTCTACAGTTGCCGATTACAGTATGCCGTTGCTGGAATTCATGGCCACCATTCCGCCGGAGGAGAAGGTGGTGCTTGTCGGACATAGTCTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1405 aa · LXL04_024288|LXL04_024288|OH1004|PROTEIN

MRSTGEDQKHFVLVHGACHGAWCWFKVKPLLEAAGHRVSAFDLSASGTNTRMIQDVSTVADYSMPLLEFMATIPPEEKVVLVGHSLGGLNLALAMEKFPEKVSVAVFVSAFMPDSVHTSSYVLDQYNERTPTEAWLDTQFLPYNTDESESSMFFGPKFLLEKLYQLCSEEDLELGKILIRPGSLFLKDLSKGKQFTEGRYGSVTRVFVICKEDRAIKEDFQRWMIGNNPVAEVKELNGVDHMPMLCDPNQLSSEFRSPKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024288`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024288

位置 Chr05:86438985-86451914 (-)

描述 Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g23620`	甲酯酶，在体外具有羧酸酯酶活性，以及吲哚-3-乙酸甲酯（MeIAA）、水杨酸甲酯（MeSA）和茉莉酸甲酯（MeJA）的酯酶活性。	Identification of likely orthologs of tobacco salicylic acid-binding protein 2 and their role in systemic acquired resistance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03618.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024288 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009694 jasmonic acid metabolic process 生物过程

GO:0009696 salicylic acid metabolic process 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

nta:107791137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · LXL04_024288 · OH-1004

细胞核0.390

排名 2 · LXL04_024288 · OH-1004

线粒体0.080

排名 3 · LXL04_024288 · OH-1004

过氧化物酶体0.043

排名 4 · LXL04_024288 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 5 · LXL04_024288 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146.16Hydrolase_48-112 aa

PF00561.27Abhydrolase_110-128 aa

PF12697.14Abhydrolase_611-245 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2284-465 aa

PF22936.2Pol_BBD550-596 aa

PF13976.12gag_pre-integrs638-698 aa

PF29688.1TnsB_C727-801 aa

PF07727.20RVT_2967-1211 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024288	`PF12146.16`	Hydrolase_4	8	112	3.1e-08	33.9
LXL04_024288	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	10	128	9.9e-17	62.1
LXL04_024288	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	11	245	9.7e-22	79.4
LXL04_024288	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	284	465	1.8e-19	70.8
LXL04_024288	`PF22936.2`	Pol_BBD	550	596	3.5e-12	47.2
LXL04_024288	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	638	698	7e-12	45.7
LXL04_024288	`PF29688.1`	TnsB_C	727	801	4.7e-08	33.7
LXL04_024288	`PF07727.20`	RVT_2	967	1211	5.6e-89	298.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	42.266%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	40.959%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S8S9`	拟南芥	Methylesterase 1	61.847%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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