LXL04_024249 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024249

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 85711011-85712391 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

823 bp · LXL04_024249|LXL04_024249|OH1004|cDNA

AACTAATCACCCTTTCCGTCTTCCGATTCTCTTGACTATGTCTTCAATCAAATCCCAATTTCGTGTTATTCTGTAGACTCTCTCTCTCCCTCAACGATCACAAACCCTGATTTCGATCCATTCTCCATCTGCAGAGGGGTACGTCCATCAATGTACACACCCAATTTCCAAAATGGAAACTAATATCAGCGAATCAACAACAAGAGAAACCACAACCAATGACGCAGGTGATTTCGAATGCAACATTTGCTTGGAATTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

717 bp · LXL04_024249|LXL04_024249|OH1004|CDS

CTGATTTCGATCCATTCTCCATCTGCAGAGGGGTACGTCCATCAATGTACACACCCAATTTCCAAAATGGAAACTAATATCAGCGAATCAACAACAAGAGAAACCACAACCAATGACGCAGGTGATTTCGAATGCAACATTTGCTTGGAATTAGCAGAAGACCCAATCGTAACTCTCTGTGGCCATCTCTTTTGTTGGCCATGTCTTTACAAATGGCTTCACATCCACTCACGTTCCCAAGAATGTCCAGTCTGCAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

238 aa · LXL04_024249|LXL04_024249|OH1004|PROTEIN

MISIHSPSAEGYVHQCTHPISKMETNISESTTRETTTNDAGDFECNICLELAEDPIVTLCGHLFCWPCLYKWLHIHSRSQECPVCKALIQEDKLVPLYGRGKTQTDPRSKPIPEFEIPNRPTGQRPATAPAQDTNTNFPNFGFSGFVPMASARFGNFAMSAGIGGLFPSLLDMQVHGFQNPLHYGPNRHGYGPRFSGGFHGGHHVHDIFHSRRGNQEYNLLKTLLLMIGIFVVLVMIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024249`
TK1151 ID	TkA06G159860
OH-1004 ID	LXL04_024249
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.050 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_024249`
位置	Chr05:85711011-85712391 (+)
描述	Similar to rnf-5: E3 ubiquitin ligase rnf-5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024249` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0018996 molting cycle, collagen and cuticulin-based cuticle 生物过程 GO:0030163 protein catabolic process 生物过程 GO:0031648 protein destabilization 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0040039 inductive cell migration 生物过程 GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_C16C10.7 gga:416965 mmu:193670 rno:360967 rno:407784 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.501

排名 1 · LXL04_024249 · OH-1004

细胞质0.230

排名 2 · LXL04_024249 · OH-1004

细胞核0.207

排名 3 · LXL04_024249 · OH-1004

高尔基体0.181

排名 4 · LXL04_024249 · OH-1004

溶酶体／液泡0.108

排名 5 · LXL04_024249 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_343-90 aa

PF13639.13zf-RING_244-86 aa

PF13923.13zf-C3HC4_244-85 aa

PF14634.13zf-RING_544-86 aa

PF00097.32zf-C3HC445-85 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX45-83 aa

PF15227.13zf-C3HC4_445-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024249	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	43	90	2.8e-08	34.2
LXL04_024249	`PF13639.13`	zf-RING_2	44	86	1.4e-09	38.7
LXL04_024249	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	44	85	2e-08	34.6
LXL04_024249	`PF14634.13`	zf-RING_5	44	86	7.6e-08	32.9
LXL04_024249	`PF00097.32`	zf-C3HC4	45	85	1.1e-09	38.7
LXL04_024249	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	45	83	4.7e-09	36.8
LXL04_024249	`PF15227.13`	zf-C3HC4_4	45	85	1.6e-06	28.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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