LXL04_023965 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023965

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 75809278-75810364 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

468 bp · LXL04_023965|LXL04_023965|OH1004|cDNA

ATGAATCCACCAGCGATGGCTGCATGGCAGCGAATGATGATTTCCGGCAGCTCTAGAGACGGTGCTGCCCATGTGTTTGGCATTCAAAATCCATACACTGAGGGTCTTAACTATGCTATTTTACAGGTAAATTTGGAAAAGGAATATTTTGGAAAAAGGAAACAATGTATTTTGTGTCTATATGGTACAGCCCAAAATAGAAGGTTATCAGATTATCCGTTGTTCGCAAATCCATCGGTCCAAAAACATAGCAAGAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

402 bp · LXL04_023965|LXL04_023965|OH1004|CDS

ATGAATCCACCAGCGATGGCTGCATGGCAGCGAATGATGATTTCCGGCAGCTCTAGAGACGGTGCTGCCCATGTGTTTGGCATTCAAAATCCATACACTGAGGGTCTTAACTATGCTATTTTACAGGTAAATTTGGAAAAGGAATATTTTGGAAAAAGGAAACAATGTATTTTGTGTCTATATGGTACAGCCCAAAATAGAAGGTTATCAGATTATCCGTTGTTCGCAAATCCATCGGTCCAAAAACATAGCAAGAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

133 aa · LXL04_023965|LXL04_023965|OH1004|PROTEIN

MNPPAMAAWQRMMISGSSRDGAAHVFGIQNPYTEGLNYAILQVNLEKEYFGKRKQCILCLYGTAQNRRLSDYPLFANPSVQKHSKKAKISWIQSFLAGVPFIVVGYRDDSSRLVRTERLRTKDMTHRVKMKNY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023965`
TK1151 ID	TkA03G581210
OH-1004 ID	LXL04_023965
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.817 / OH-1004 68.421 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023965

位置 Chr05:75809278-75810364 (+)

描述 Similar to At4g17620: Decapping nuclease DXO homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17620`	NAD帽RNA的去帽酶：通过从NAD帽RNA的5'末端移除整个NAD部分，特异性水解部分RNA的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）帽。	Arabidopsis DXO1 links RNA turnover and chloroplast function independently of its enzymatic activity.2019 · DOI: 10.1093/nar/gkz100

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023965 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0050779 RNA destabilization 生物过程

GO:0071028 nuclear mRNA surveillance 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0110154 RNA decapping 生物过程

GO:0110155 NAD-cap decapping 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0000175 3'-5'-RNA exonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17620

xla:496313

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.351

排名 1 · LXL04_023965 · OH-1004

细胞核0.307

排名 2 · LXL04_023965 · OH-1004

线粒体0.209

排名 3 · LXL04_023965 · OH-1004

细胞外0.098

排名 4 · LXL04_023965 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 5 · LXL04_023965 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08652.18RAI180-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023965	`PF08652.18`	RAI1	80	131	1.9e-11	44.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY73`	拟南芥	NAD-capped RNA hydrolase DXO1	72.093%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情