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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_023697
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 63498592-63504705 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2097 bp · LXL04_023697|LXL04_023697|OH1004|cDNA

ATGGTGATTCACTCCGTCAAAGCCGAGAAAAATGAAGCCGCTGCTGAGAATGGACCTACAGTCCAACATTGCGGGGGAGTTGACACTCAAGTTACCCATACCTGCTCTCCGGTTAGGAGGATAAGTGCTCGTATTCAGAAGAGCGAGAAAGAAAAAGCTGCTATTCGACTTCGTCAACAGGAAGAGGAGTCTATCACTAAGGTAGAGAAACCGGCGAAGAAGCAGCGATTAAACTACAACAAGAAAAAGGGTATATCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2097 bp · LXL04_023697|LXL04_023697|OH1004|CDS

ATGGTGATTCACTCCGTCAAAGCCGAGAAAAATGAAGCCGCTGCTGAGAATGGACCTACAGTCCAACATTGCGGGGGAGTTGACACTCAAGTTACCCATACCTGCTCTCCGGTTAGGAGGATAAGTGCTCGTATTCAGAAGAGCGAGAAAGAAAAAGCTGCTATTCGACTTCGTCAACAGGAAGAGGAGTCTATCACTAAGGTAGAGAAACCGGCGAAGAAGCAGCGATTAAACTACAACAAGAAAAAGGGTATATCGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

698 aa · LXL04_023697|LXL04_023697|OH1004|PROTEIN

MVIHSVKAEKNEAAAENGPTVQHCGGVDTQVTHTCSPVRRISARIQKSEKEKAAIRLRQQEEESITKVEKPAKKQRLNYNKKKGISDNVRTQVVHDEGKLTVVASNSEAGTEHKEKLKDEQTGEEIENGSTCKGQIGEKSVYAMVTDTIRAFNKHYLHFVQEEETRCKKVEADQKKTKKPKSKNQDAVEEKGKAKRPDLKALTKMINLNTTLIPPTRIGSVPGVDVGHQFFSRCEMVTVGFHNHWLCGIDYIGIGRKKDY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_023697
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_023697
位置Chr05:63498592-63504705 (+)
描述Similar to SUVH4: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13960 组蛋白甲基转移酶。
H3 lysine 9 methylation is maintained on a transcribed inverted repeat by combined action of SUVH6 and SUVH4 methyltransferases.2005 · DOI: 10.1128/mcb.25.23.10507-10515.2005
At2g22740 组蛋白甲基转移酶。
Dimethylation of histone H3 lysine 9 is a critical mark for DNA methylation and gene silencing in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1007/s00412-004-0275-7
H3 lysine 9 methylation is maintained on a transcribed inverted repeat by combined action of SUVH6 and SUVH4 methyltransferases.2005 · DOI: 10.1128/mcb.25.23.10507-10515.2005
At2g35160 组蛋白甲基转移酶。 暂无已核实直接文献
At1g73100 组蛋白甲基转移酶。 暂无已核实直接文献
At5g04940 组蛋白甲基转移酶。
Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0018022 peptidyl-lysine methylation 生物过程
GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0000123 histone acetyltransferase complex 细胞组分
GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0001228 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific 分子功能
GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能
GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73100
ath:AT2G22740
ath:AT2G35160
ath:AT5G04940
ath:AT5G13960
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.944
排名 1 · LXL04_023697 · OH-1004
细胞质0.089
排名 2 · LXL04_023697 · OH-1004
细胞膜0.030
排名 3 · LXL04_023697 · OH-1004
内质网0.014
排名 4 · LXL04_023697 · OH-1004
线粒体0.014
排名 5 · LXL04_023697 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02182.24SAD_SRA217-376 aa
PF05033.23Pre-SET409-513 aa
PF00856.34SET532-668 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_023697PF02182.24SAD_SRA2173767.8e-49166.0
LXL04_023697PF05033.23Pre-SET4095136.6e-1762.7
LXL04_023697PF00856.34SET5326681.4e-1868.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GZB6拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH454.932%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8VZ17拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH638.121%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82175拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH537.722%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C5P4拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH338.351%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FF80拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH137.087%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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