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基因概览

LXL04_023585

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 53277199-53277883 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

588 bp · LXL04_023585|LXL04_023585|OH1004|cDNA

ATGAAGAGGGGGGTAGATGAGAACAATAAGGGCCCCATGTTTCCGAGACTCCATGTAAATGATACTGAAAAAGGAGGACCAAGAGCACCTCCAAGGAACAAAATGGCTCTATATGAACAACTCAGTGTACCTTCACAAAGGCTCAATGGTGGACTATTGCCACTTAACCCCAATCCAACTTCTTCATCCAAAGGTGGTATGAGCCAAAGGGGTTCCTTTTTCCCACATCATCAAACTCCTTTAACACATCCAGTTGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · LXL04_023585|LXL04_023585|OH1004|CDS

ATGAAGAGGGGGGTAGATGAGAACAATAAGGGCCCCATGTTTCCGAGACTCCATGTAAATGATACTGAAAAAGGAGGACCAAGAGCACCTCCAAGGAACAAAATGGCTCTATATGAACAACTCAGTGTACCTTCACAAAGGCTCAATGGTGGACTATTGCCACTTAACCCCAATCCAACTTCTTCATCCAAAGGTGGTATGAGCCAAAGGGGTTCCTTTTTCCCACATCATCAAACTCCTTTAACACATCCAGTTGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · LXL04_023585|LXL04_023585|OH1004|PROTEIN

MKRGVDENNKGPMFPRLHVNDTEKGGPRAPPRNKMALYEQLSVPSQRLNGGLLPLNPNPTSSSKGGMSQRGSFFPHHQTPLTHPVDKINNRFSDLNNQEQKKKQEDDDFRVLILNQQSAINLDCNQNHQNKDNEGISQLISSFSGRFTNTQRNNSQQLPKSGLNQSLKQSSKDGCSSFDHRNGLSNSMRLEIVLH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023585`
TK1151 ID	TkA06G264870
OH-1004 ID	LXL04_023585
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023585

位置 Chr05:53277199-53277883 (+)

描述 Similar to ELF3: Protein EARLY FLOWERING 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25930`	可能是昼夜节律输入通路的一部分转录因子。	ELF3 encodes a circadian clock-regulated nuclear protein that functions in an Arabidopsis PHYB signal transduction pathway.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.6.1293 ELF3 recruitment to the PRR9 promoter requires other Evening Complex members in the Arabidopsis circadian clock.2012 · DOI: 10.4161/psb.18766 EARLY FLOWERING4 recruitment of EARLY FLOWERING3 in the nucleus sustains the Arabidopsis circadian clock.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093807

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0566100`	参与开花时间的调控。	暂无已核实直接文献
`Os06g0142600`	参与短日（SD）和长日（LD）条件下开花时间的调控。	Natural variation in Hd17, a homolog of Arabidopsis ELF3 that is involved in rice photoperiodic flowering.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs028 OsELF3-1, an ortholog of Arabidopsis early flowering 3, regulates rice circadian rhythm and photoperiodic flowering.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0043705

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023585 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010031 circumnutation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25930

dosa:Os01g0566100

dosa:Os06g0142600

osa:4327931

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · LXL04_023585 · OH-1004

细胞核0.443

排名 2 · LXL04_023585 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 3 · LXL04_023585 · OH-1004

线粒体0.036

排名 4 · LXL04_023585 · OH-1004

溶酶体／液泡0.030

排名 5 · LXL04_023585 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82804`	拟南芥	Protein EARLY FLOWERING 3	79.592%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q657D6`	水稻	ELF3-like protein 2	72.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SNQ6`	水稻	Protein HEADING DATE 3B	77.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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