LXL04_023462 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023462

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 42376337-42380943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1005 bp · LXL04_023462|LXL04_023462|OH1004|cDNA

ATGGCTGGGTTGCTGGGTTGCCGGAGAGGGTGGTTCTTCCTCCTTGTCGGCCACCGCCGAGACCACCATCTAGCCGACgatttcttttcttctccttcaTGGTGCGATAACCTCCAAGCCACAACCGAACATCCAGCAGATTCAAATGAACCGGCACCTATTGACTTGGAGTACTACAGAAAAGGACTTAGATCTCACATAGTTCATTCCTACAAAGATTATTATGACAGTGTTGAAATCCCCAAGTTTGTAGACAAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · LXL04_023462|LXL04_023462|OH1004|CDS

ATGGCTGGGTTGCTGGGTTGCCGGAGAGGGTGGTTCTTCCTCCTTGTCGGCCACCGCCGAGACCACCATCTAGCCGACGATTTCTTTTCTTCTCCTTCATGGTGCGATAACCTCCAAGCCACAACCGAACATCCAGCAGATTCAAATGAACCGGCACCTATTGACTTGGAGTACTACAGAAAAGGACTTAGATCTCACATAGTTCATTCCTACAAAGATTATTATGACAGTGTTGAAATCCCCAAGTTTGTAGACAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · LXL04_023462|LXL04_023462|OH1004|PROTEIN

MAGLLGCRRGWFFLLVGHRRDHHLADDFFSSPSWCDNLQATTEHPADSNEPAPIDLEYYRKGLRSHIVHSYKDYYDSVEIPKFVDKTTPEYKPKFDALMTVTMTADEYFEKHPELKMKFDDEIRNDYWKKLGGLRGYAVGAEGRNVSDARSLKIEGVKDIIAVASGKGGVGKSTTAVNLAVSLANKCQLSVGLLDADLGLLDRSGTILQQRERKIKRVKSRGFSGKSVTGGICGKLLIFWAVGITCCCCQVRGTFGILLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023462`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023462

位置 Chr05:42376337-42380943 (-)

描述 Similar to At3g52300: ATP synthase subunit d, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52300`	线粒体膜ATP合酶(F(1)F(0) ATP合酶或复合物V)在膜两侧存在质子梯度的情况下将ADP合成ATP，该质子梯度由呼吸链的电子传递复合物产生。	暂无已核实直接文献
`At4g19540`	对早期营养生长至关重要。	The evolutionarily conserved iron-sulfur protein INDH is required for complex I assembly and mitochondrial translation in Arabidopsis [corrected].2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.117283

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023462 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程

GO:0032981 mitochondrial respiratory chain complex I assembly 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52300

ath:AT4G19540

ddi:DDB_G0291193

dme:Dmel_CG3262

hin:HI_1277

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.646

排名 1 · LXL04_023462 · OH-1004

质体0.153

排名 2 · LXL04_023462 · OH-1004

细胞质0.133

排名 3 · LXL04_023462 · OH-1004

细胞核0.130

排名 4 · LXL04_023462 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 5 · LXL04_023462 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10609.16ParA157-198 aa

PF13614.13AAA_31159-198 aa

PF01656.30CbiA161-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023462	`PF10609.16`	ParA	157	198	1.4e-13	51.6
LXL04_023462	`PF13614.13`	AAA_31	159	198	1.6e-07	32.1
LXL04_023462	`PF01656.30`	CbiA	161	204	5.4e-10	40.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FT52`	拟南芥	ATP synthase subunit d, mitochondrial	54.955%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49472`	拟南芥	Iron-sulfur protein required for NADH dehydrogenase, mitochondrial	80.851%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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