LXL04_023368 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023368

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 35601369-35604479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3033 bp · LXL04_023368|LXL04_023368|OH1004|cDNA

ATGGCACCGCCACCATATATCCTCTCCTTCTTCGTCTTCATCTCCCTCACCTCCGTTATAAGTTCACAACAGTTCTTCACGTCCGACCAAACCACCTTGCTTAACCTCAAGCAATGGTGGGAAAATCCACCGTCACTAGCAAATTGGAACTCTACGTCATCACCTTGCAGCTGGCCGGAGGTTCAGTGCCGGAATGGCTCCGTCACCGTGCTGCAACTAGACAACATGGAACTTACCGGAACTATACCGCCGTTTATCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3033 bp · LXL04_023368|LXL04_023368|OH1004|CDS

ATGGCACCGCCACCATATATCCTCTCCTTCTTCGTCTTCATCTCCCTCACCTCCGTTATAAGTTCACAACAGTTCTTCACGTCCGACCAAACCACCTTGCTTAACCTCAAGCAATGGTGGGAAAATCCACCGTCACTAGCAAATTGGAACTCTACGTCATCACCTTGCAGCTGGCCGGAGGTTCAGTGCCGGAATGGCTCCGTCACCGTGCTGCAACTAGACAACATGGAACTTACCGGAACTATACCGCCGTTTATCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1010 aa · LXL04_023368|LXL04_023368|OH1004|PROTEIN

MAPPPYILSFFVFISLTSVISSQQFFTSDQTTLLNLKQWWENPPSLANWNSTSSPCSWPEVQCRNGSVTVLQLDNMELTGTIPPFICDLRNLENMILHDNYITGEFPRVFFNCSKLIELDISQNLFVGRLPEDIDRLSQLQSVEFGGNNFTGDIPPAIGNISALTSLQLYQNLFNGTIPPEIGNLSNLETLGLAYNEFADPVLPPEFGKLSSLQILWMAATNLVGNIPESLSNLASLRSLDLSLNYLEGEIPPGLFLLTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023368`
TK1151 ID	TkA06G351310
OH-1004 ID	LXL04_023368
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023368

位置 Chr05:35601369-35604479 (+)

描述 Similar to HSL1: Receptor-like protein kinase HSL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28440`	类受体蛋白激酶 HSL1。	暂无已核实直接文献
`At4g28490`	具有双重特异性激酶活性作用于丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸底物的受体，控制花器官脱落。	暂无已核实直接文献
`At5g65710`	参与控制花器官脱落的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g65700`	富含亮氨酸重复序列的受体样激酶，与CLV1和BAM3共同感知CLAVATA类肽CLE25、CLE26和CLE45，经CIK及PBL34、PBL35和PBL36的磷酸化传递信号，调控原生韧皮部分化和分生组织维持。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048229 gametophyte development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28440

ath:AT4G28490

ath:AT5G65700

ath:AT5G65710

gmx:732625

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.874

排名 1 · LXL04_023368 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_023368 · OH-1004

细胞质0.059

排名 3 · LXL04_023368 · OH-1004

细胞核0.038

排名 4 · LXL04_023368 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_023368 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_890-149 aa

PF23598.2LRR_14158-271 aa

PF13855.13LRR_8283-341 aa

PF13855.13LRR_8514-556 aa

PF12799.14LRR_4521-560 aa

PF00069.32Pkinase686-963 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr688-965 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023368	`PF13855.13`	LRR_8	90	149	3e-30	104.5
LXL04_023368	`PF23598.2`	LRR_14	158	271	1.8e-24	86.9
LXL04_023368	`PF13855.13`	LRR_8	283	341	3e-30	104.5
LXL04_023368	`PF13855.13`	LRR_8	514	556	3e-30	104.5
LXL04_023368	`PF12799.14`	LRR_4	521	560	3.7e-24	84.9
LXL04_023368	`PF00069.32`	Pkinase	686	963	6.7e-43	147.7
LXL04_023368	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	688	965	1.4e-36	126.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGP2`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HSL1	42.813%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P47735`	拟南芥	Receptor-like protein kinase 5	42.474%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGX3`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase HSL2	39.917%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49545`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1	38.503%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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