基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_023239
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 28246659-28253944
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1588 bp · LXL04_023239|LXL04_023239|OH1004|cDNA
AGTGAAATTTCGACATTTCGAAGAGCTTTTGCGCATTACAGAGAGACAAGCAAAACCCTCGAAACTCCCTCTCATCATCTCGATTCCAATCCTCAAAACTACCCCCAACAAATCTTGTTTCGAATCCATTTGGGTACGATTTCGGTGAATATACCTTGTTGATCACTCCGAAAAGATACTAATGTCAGACAATGAGAAGATCGCCCTGGTTGATTCATCGACGAGCTCCCGGTCGGTGACGCAGACGGTGAACGGCTCCC...
CDS
下载 CDS FASTA1407 bp · LXL04_023239|LXL04_023239|OH1004|CDS
ATGTCAGACAATGAGAAGATCGCCCTGGTTGATTCATCGACGAGCTCCCGGTCGGTGACGCAGACGGTGAACGGCTCCCACCAGTTCGTAATTCAGGGGTATTCGTTAGCGAAGGGTATGGGAATCGGAAAACACATCGCCAGTGATAATTTCACGGTGGGAGGGTACCAATGGGCTGTATACTTCTACCCTGATGGGAAAAACCCTGAAGATAATTCGACTTATGTTTCGCTTTTCATTGCACTTACCAGTGAGGGTTC...
468 aa · LXL04_023239|LXL04_023239|OH1004|PROTEIN
MSDNEKIALVDSSTSSRSVTQTVNGSHQFVIQGYSLAKGMGIGKHIASDNFTVGGYQWAVYFYPDGKNPEDNSTYVSLFIALTSEGSDVRALFELTLVDQSGKEKHKVHSHFDRSLESGPYTLKYRGSMGYKRFYRRQLLETSDYLKDDCLKINCTVGVVVSATDCPRLHSIHVPDSDIGSNFGMLLTNMEGCDVIFKVGAEKFHAHKLVLAARSPVFHSQFYQQEGDHDEVVITDMEPKVFEAMIQFIYRDELTDELVA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_023239 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_023239 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:28246659-28253944 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to BPM6: BTB/POZ and MATH domain-containing protein 6 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程 GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0042802 identical protein binding 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G39760 ath:AT3G03740 ath:AT3G43700 ath:AT5G21010 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.500
细胞核0.469
细胞膜0.119
内质网0.082
溶酶体／液泡0.049
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF22486.3MATH_227-157 aaPF21355.4TRAF-mep_MATH48-153 aaPF00651.38BTB186-301 aaPF00561.27Abhydrolase_1326-415 aaPF12146.16Hydrolase_4339-413 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_023239 | PF22486.3 | MATH_2 | 27 | 157 | 3.2e-28 | 99.4 |
| LXL04_023239 | PF21355.4 | TRAF-mep_MATH | 48 | 153 | 5e-06 | 27.6 |
| LXL04_023239 | PF00651.38 | BTB | 186 | 301 | 8.1e-25 | 87.9 |
| LXL04_023239 | PF00561.27 | Abhydrolase_1 | 326 | 415 | 1.1e-07 | 32.5 |
| LXL04_023239 | PF12146.16 | Hydrolase_4 | 339 | 413 | 2.6e-06 | 27.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
A1L4W5 | 拟南芥 | BTB/POZ and MATH domain-containing protein 6 | 67.901% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q1EBV6 | 拟南芥 | BTB/POZ and MATH domain-containing protein 5 | 68.438% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SRV1 | 拟南芥 | BTB/POZ and MATH domain-containing protein 4 | 71.519% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O22286 | 拟南芥 | BTB/POZ and MATH domain-containing protein 3 | 59.365% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9M8J9 | 拟南芥 | BTB/POZ and MATH domain-containing protein 2 | 60.062% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |