LXL04_023126 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023126

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 23968876-23973691 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2607 bp · LXL04_023126|LXL04_023126|OH1004|cDNA

ATGAACTTCAGTCCATGCTCGAGTAGTTCAGAGATCACATCCTATTGTTCGGAAAGTATAAACATCAATAAACCACAGTTCACATCTTCAATCAAGGCTACTGACATCACCACCAACAAAGACAGTATCCAGGTGTCTAGTCATGCTGCTAGAAAAGTAGGTGTTTCTTGTGAATATGTGGAAGGAACACGTTTAATTGAGAAACCACAGTCAAAGCCAAGAAAAAAGCTGGAATTTGTGAGGACATTGTTGATTGACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2607 bp · LXL04_023126|LXL04_023126|OH1004|CDS

ATGAACTTCAGTCCATGCTCGAGTAGTTCAGAGATCACATCCTATTGTTCGGAAAGTATAAACATCAATAAACCACAGTTCACATCTTCAATCAAGGCTACTGACATCACCACCAACAAAGACAGTATCCAGGTGTCTAGTCATGCTGCTAGAAAAGTAGGTGTTTCTTGTGAATATGTGGAAGGAACACGTTTAATTGAGAAACCACAGTCAAAGCCAAGAAAAAAGCTGGAATTTGTGAGGACATTGTTGATTGACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

868 aa · LXL04_023126|LXL04_023126|OH1004|PROTEIN

MNFSPCSSSSEITSYCSESININKPQFTSSIKATDITTNKDSIQVSSHAARKVGVSCEYVEGTRLIEKPQSKPRKKLEFVRTLLIDNYDSYTYNIYQELSVVNGLPPVVVRNDEWTWEEACYYIYEERAFDNIVISPGPGSPACAADIGICLKLLLECGDIPILGVCLGHQALGYVHGANVVHAFEPVHGRLSEIQHNGSRLFNDIPSGTNSGFKVVRYHSLVIDPKSLPKELIPLAWTCSNDTISSSLVDQKFDQETSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023126`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023126

位置 Chr05:23968876-23973691 (+)

描述 Similar to ADCS: Aminodeoxychorismate synthase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28880`	双功能酶，催化从分支酸和谷氨酰胺生物合成 4-氨基-4-脱氧分支酸。	The synthesis of pABA: Coupling between the glutamine amidotransferase and aminodeoxychorismate synthase domains of the bifunctional aminodeoxychorismate synthase from Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1016/j.abb.2010.09.010

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0699700`	双功能酶，催化从莽草酸和谷氨酰胺生成4-氨基-4-脱氧莽草酸（ADC）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023126 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000162 L-tryptophan biosynthetic process 生物过程

GO:0008153 4-aminobenzoate biosynthetic process 生物过程

GO:0009396 folic acid-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0017000 antibiotic biosynthetic process 生物过程

GO:0046417 chorismate metabolic process 生物过程

GO:0046654 tetrahydrofolate biosynthetic process 生物过程

GO:0046656 folic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0046820 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28880

dosa:Os06g0699700

sly:543912

sve:SVEN_0920

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.797

排名 1 · LXL04_023126 · OH-1004

线粒体0.178

排名 2 · LXL04_023126 · OH-1004

细胞质0.136

排名 3 · LXL04_023126 · OH-1004

过氧化物酶体0.059

排名 4 · LXL04_023126 · OH-1004

细胞核0.057

排名 5 · LXL04_023126 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00117.35GATase83-245 aa

PF00117.35GATase271-307 aa

PF00425.26Chorismate_bind471-856 aa

PF30495.1Chorismate_bind_2516-854 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023126	`PF00117.35`	GATase	83	245	3.8e-40	138.3
LXL04_023126	`PF00117.35`	GATase	271	307	3.8e-40	138.3
LXL04_023126	`PF00425.26`	Chorismate_bind	471	856	7.3e-118	395.2
LXL04_023126	`PF30495.1`	Chorismate_bind_2	516	854	3.5e-42	145.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN3`	拟南芥	Aminodeoxychorismate synthase, chloroplastic	59.328%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z856`	水稻	Probable aminodeoxychorismate synthase, chloroplastic	59.042%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情