LXL04_022855 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022855

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 10840824-10843143 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1107 bp · LXL04_022855|LXL04_022855|OH1004|cDNA

ATGGGAAACAAAACGGAGGAAAAACGTTCGAGTTCACGATCCAACCATTTGTTGCAGAAGATAAGAGATTTTACTCTTTCCATTGTCGAAGATGTTTCTCATGGCTATTCTCCAGCAATTTACATTTATCGTTTCCGTAATTACTGCACCGATATATCTGGAAACTGCTATTGCAGCCACGATTCAGTCAAGGGACTGGAGATTCTCACCCTACAGCGAGATTGTCATGCACGTAGATTAGATGTTTTATTGCGAGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · LXL04_022855|LXL04_022855|OH1004|CDS

ATGGGAAACAAAACGGAGGAAAAACGTTCGAGTTCACGATCCAACCATTTGTTGCAGAAGATAAGAGATTTTACTCTTTCCATTGTCGAAGATGTTTCTCATGGCTATTCTCCAGCAATTTACATTTATCGTTTCCGTAATTACTGCACCGATATATCTGGAAACTGCTATTGCAGCCACGATTCAGTCAAGGGACTGGAGATTCTCACCCTACAGCGAGATTGTCATGCACGTAGATTAGATGTTTTATTGCGAGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · LXL04_022855|LXL04_022855|OH1004|PROTEIN

MGNKTEEKRSSSRSNHLLQKIRDFTLSIVEDVSHGYSPAIYIYRFRNYCTDISGNCYCSHDSVKGLEILTLQRDCHARRLDVLLRVLLIVQQLLQENRHGSKRDIYYMHPSVFREQSVVDRAINDICILFKCSRHNLNVVSVAKGLVMGWLRFSEGDRLFNCINQPDNAHSIPVHVEDVKDVVSIAEYILVVEKESVFQRLANDCFCKTNRCIVITGRGYPDIPTRRFLRLLIEELQLPAYCLVDCDPYGFDILTTYRFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022855`
TK1151 ID	TkA02G075560
OH-1004 ID	LXL04_022855
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022855

位置 Chr05:10840824-10843143 (-)

描述 Similar to SPO11-1: Meiotic recombination protein SPO11-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13170`	DNA核酸内切酶，特异性介导DNA切割，形成启动减数分裂重组的双链断裂（DSB）。	AtSPO11-1 is necessary for efficient meiotic recombination in plants.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.3.589 Arabidopsis SPO11-2 functions with SPO11-1 in meiotic recombination.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02867.x The catalytically active tyrosine residues of both SPO11-1 and SPO11-2 are required for meiotic double-strand break induction in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054817 A high throughput genetic screen identifies new early meiotic recombination functions in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000654 A DNA topoisomerase VI-like complex initiates meiotic recombination.2016 · DOI: 10.1126/science.aad5196

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0752200`	DNA核酸内切酶，特异性介导DNA切割，形成启动减数分裂重组的双链断裂（DSB）。	OsSPO11-1 is essential for both homologous chromosome pairing and crossover formation in rice.2010 · DOI: 10.1007/s00412-010-0284-7
`UniProt: Q5ZPV8`	DNA核酸内切酶，特异性介导DNA切割，形成启动减数分裂重组的双链断裂（DSB）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000706 meiotic DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007141 male meiosis I 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0007292 female gamete generation 生物过程

GO:0034502 protein localization to chromosome 生物过程

GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程

GO:0045141 meiotic telomere clustering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13170

dosa:Os03g0752200

hsa:23626

mmu:26972

osa:9267055

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.473

排名 1 · LXL04_022855 · OH-1004

细胞核0.395

排名 2 · LXL04_022855 · OH-1004

线粒体0.103

排名 3 · LXL04_022855 · OH-1004

细胞膜0.076

排名 4 · LXL04_022855 · OH-1004

内质网0.052

排名 5 · LXL04_022855 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04406.20TP6A_N78-139 aa

PF21180.4TOP6A-Spo11_Toprim188-359 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022855	`PF04406.20`	TP6A_N	78	139	7.9e-22	77.6
LXL04_022855	`PF21180.4`	TOP6A-Spo11_Toprim	188	359	3.8e-66	223.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M4A2`	拟南芥	Meiotic recombination protein SPO11-1	67.606%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7Y021`	水稻	Meiotic recombination protein SPO11-1	62.464%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ZPV8`	水稻	Meiotic recombination protein SPO11-1	62.464%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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