LXL04_022697 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022697

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 5220461-5224007 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2169 bp · LXL04_022697|LXL04_022697|OH1004|cDNA

ATGGTCGGCGGTGGAGGCGATGCTCCGCCACCACCTCCTATAAACGGCGGCGAGTTCCTTCTACACTTGCTCAAAAATCCACCACAGCATCCTCGTTCGCACTCCCAACCACCACCGCCACAACCGTCACAAGTACTCCCTCACGATCCCGCCGTCGCTGCTGTTGGCCCCTCGATGCCTTTCCCGCCACAGTCATTCCCATCACATGGTACCGATTACCTCCTCCCCTCCCGCCCTCCGCTTTTCCCACCTCATAATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2169 bp · LXL04_022697|LXL04_022697|OH1004|CDS

ATGGTCGGCGGTGGAGGCGATGCTCCGCCACCACCTCCTATAAACGGCGGCGAGTTCCTTCTACACTTGCTCAAAAATCCACCACAGCATCCTCGTTCGCACTCCCAACCACCACCGCCACAACCGTCACAAGTACTCCCTCACGATCCCGCCGTCGCTGCTGTTGGCCCCTCGATGCCTTTCCCGCCACAGTCATTCCCATCACATGGTACCGATTACCTCCTCCCCTCCCGCCCTCCGCTTTTCCCACCTCATAATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

722 aa · LXL04_022697|LXL04_022697|OH1004|PROTEIN

MVGGGGDAPPPPPINGGEFLLHLLKNPPQHPRSHSQPPPPQPSQVLPHDPAVAAVGPSMPFPPQSFPSHGTDYLLPSRPPLFPPHNYINQGLGFPQNPNPNPNLNPNLINPNPNWHLNFLQNHHQMNNQSLFDDLSKLGFYNNNQQQQDRQNKLVFGTLHSDDQISKVSRNSNMDYDLANIEKHLLKERELIMGNSRLNGSEIDFHRNAGLMQNIQTGTLEFGNYGSKGAPSQQQVRRIPPPGFSSNPRSAWKPNSEHNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022697`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022697

位置 Chr05:5220461-5224007 (-)

描述 Similar to URT1: UTP:RNA uridylyltransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45620`	UTP：RNA尿苷酰转移酶，对尿苷聚合具有明显的偏好，并且对第一个添加的核苷酸具有分配活性。	Uridylation prevents 3' trimming of oligoadenylated mRNAs.2013 · DOI: 10.1093/nar/gkt465 Synergistic and independent actions of multiple terminal nucleotidyl transferases in the 3' tailing of small RNAs in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005091 Distinct and cooperative activities of HESO1 and URT1 nucleotidyl transferases in microRNA turnover in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005119 Uridylation and PABP Cooperate to Repair mRNA Deadenylated Ends in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.celrep.2016.02.060 A genetics screen highlights emerging roles for CPL3, RST1 and URT1 in RNA metabolism and silencing.2019 · DOI: 10.1038/s41477-019-0419-7 The TUTase URT1 connects decapping activators and prevents the accumulation of excessively deadenylated mRNAs to avoid siRNA biogenesis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-21382-2

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010586 miRNA metabolic process 生物过程

GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程

GO:0010605 negative regulation of macromolecule metabolic process 生物过程

GO:0031054 pre-miRNA processing 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0070935 3'-UTR-mediated mRNA stabilization 生物过程

GO:0141008 transposable element silencing by mRNA destabilization 生物过程

GO:1900369 negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程

GO:1990074 polyuridylation-dependent mRNA catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45620

hsa:79670

spo:2539762

spo:2543204

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · LXL04_022697 · OH-1004

细胞核0.371

排名 2 · LXL04_022697 · OH-1004

细胞膜0.148

排名 3 · LXL04_022697 · OH-1004

内质网0.073

排名 4 · LXL04_022697 · OH-1004

高尔基体0.058

排名 5 · LXL04_022697 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22600.3MTPAP-like_central404-533 aa

PF19088.7TUTase415-514 aa

PF03828.25PAP_assoc622-680 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022697	`PF22600.3`	MTPAP-like_central	404	533	1.3e-31	110.3
LXL04_022697	`PF19088.7`	TUTase	415	514	9.3e-12	45.6
LXL04_022697	`PF03828.25`	PAP_assoc	622	680	3.1e-19	69.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64642`	拟南芥	UTP:RNA uridylyltransferase 1	50.767%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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