LXL04_022621 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022621

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 2684658-2687756 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

912 bp · LXL04_022621|LXL04_022621|OH1004|cDNA

ATGGATATCTTGATGAATCCTGCgaaaacaagtttttcagcaTATGTCGAGTACATATTCATTCTACTTTGTTTCATCCAGGACACTTTTCTATCGGTATTATGTCTTATCGGTATCTCTAAACCTATCGAGttccaccacctccaccacccaAAAAAACCAGAAAACTCTCCTATTTCAGCAGTTTTGACTCGAGAATTCCTCGTGACCAGTAAATGTAAGGACGTTTTGGGAAATAATTCATCGAAAGACTGTGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · LXL04_022621|LXL04_022621|OH1004|CDS

ATGGATATCTTGATGAATCCTGCGAAAACAAGTTTTTCAGCATATGTCGAGTACATATTCATTCTACTTTGTTTCATCCAGGACACTTTTCTATCGGTATTATGTCTTATCGGTATCTCTAAACCTATCGAGTTCCACCACCTCCACCACCCAAAAAAACCAGAAAACTCTCCTATTTCAGCAGTTTTGACTCGAGAATTCCTCGTGACCAGTAAATGTAAGGACGTTTTGGGAAATAATTCATCGAAAGACTGTGCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · LXL04_022621|LXL04_022621|OH1004|PROTEIN

MDILMNPAKTSFSAYVEYIFILLCFIQDTFLSVLCLIGISKPIEFHHLHHPKKPENSPISAVLTREFLVTSKCKDVLGNNSSKDCAICLDEFKGEDEIRCLTNCKHMFHLNCLDRWMDQIQDTCPLCRIPILPLACQDEYKERLRCVTNLNNSYRQDFVILVVWFNWKKLALKTSNEKSITDIEDEIHFFNSRFEDLRGCLIHHGLGLGLRPRTTDHGPSPTSQSPIKRLGPRTESDIRGNFFSLQFFWADRVRGKRSDR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022621`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022621

位置 Chr05:2684658-2687756 (+)

描述 Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61460`	可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。	Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
`At2g35420`	RING-H2指蛋白ATL28。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At3g18930`	RING-H2 指蛋白 ATL65。	暂无已核实直接文献
`At2g01150`	E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。	The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程

GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT2G01150

ath:AT2G35420

ath:AT3G18930

ath:AT3G61460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.398

排名 1 · LXL04_022621 · OH-1004

细胞核0.365

排名 2 · LXL04_022621 · OH-1004

细胞膜0.141

排名 3 · LXL04_022621 · OH-1004

内质网0.127

排名 4 · LXL04_022621 · OH-1004

线粒体0.112

排名 5 · LXL04_022621 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_284-128 aa

PF17123.12zf-RING_1184-113 aa

PF14634.13zf-RING_584-128 aa

PF00097.32zf-C3HC485-127 aa

PF13923.13zf-C3HC4_285-127 aa

PF12678.14zf-rbx191-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022621	`PF13639.13`	zf-RING_2	84	128	6.1e-12	46.3
LXL04_022621	`PF17123.12`	zf-RING_11	84	113	4.9e-10	39.6
LXL04_022621	`PF14634.13`	zf-RING_5	84	128	5.3e-07	30.2
LXL04_022621	`PF00097.32`	zf-C3HC4	85	127	4e-07	30.5
LXL04_022621	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	85	127	1.1e-06	29.1
LXL04_022621	`PF12678.14`	zf-rbx1	91	128	4.6e-08	33.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XF92`	拟南芥	Brassinosteroid-responsive RING protein 1	40.714%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NKR1`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL28	38.372%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GW38`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL47	43.478%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q67YI6`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL65	31.655%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZU51`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B	42.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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