LXL04_022526 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022526

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 135858-142248 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3462 bp · LXL04_022526|LXL04_022526|OH1004|cDNA

ATGAAGGACGTCGATTTTAGCCGGGACAAAGATCTGGCGAAGGATTTTCTTCAAAACTTCGCTGATGCAGAGGGCGAAGCGAAATATATTAGCATCCTTCAAGATGTCGCCAATAGGAAAGTCAAAGCAATCGAAATTGACATTGGAGACCTGTTTGATTACAAGGATTTGGACGAAGAGTTTGTGGGACGAGTTACTGAGAACACCCGGAGATATGTTGGAGTTTTTGCTGATGCGATTGATGAGTTGATCCCTAAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3462 bp · LXL04_022526|LXL04_022526|OH1004|CDS

ATGAAGGACGTCGATTTTAGCCGGGACAAAGATCTGGCGAAGGATTTTCTTCAAAACTTCGCTGATGCAGAGGGCGAAGCGAAATATATTAGCATCCTTCAAGATGTCGCCAATAGGAAAGTCAAAGCAATCGAAATTGACATTGGAGACCTGTTTGATTACAAGGATTTGGACGAAGAGTTTGTGGGACGAGTTACTGAGAACACCCGGAGATATGTTGGAGTTTTTGCTGATGCGATTGATGAGTTGATCCCTAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1153 aa · LXL04_022526|LXL04_022526|OH1004|PROTEIN

MKDVDFSRDKDLAKDFLQNFADAEGEAKYISILQDVANRKVKAIEIDIGDLFDYKDLDEEFVGRVTENTRRYVGVFADAIDELIPKPTEAFQDDDLDILMTQRAEEGNDNADGTDPRQKMPPEIRRFYEVYIKASSKDQPFTIREVRDSHIGQLVKISGIVTRCTDVKPLMKVAVYTCEECGFEIYQEVTARVFMPLFECPSKRCNVNRAKGSLILQLRTSKFWKFQEIGSRYLLAEIYKFCLMQDAKLQELTEHVPKGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022526`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022526

位置 Chr05:135858-142248 (+)

描述 Similar to MCM7: DNA replication licensing factor MCM7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02060`	推测是MCM2-7复合物（MCM复合物）的组成部分，可能作为DNA解旋酶功能，对真核细胞每个细胞周期进行一次复制起始和延伸是必需的（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At4g02070`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991 Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2MSH6 (MutSalpha) and MSH2MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780 Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0560700`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BMI1`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0090329 regulation of DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0042555 MCM complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02060

dosa:Os12g0560700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.892

排名 1 · LXL04_022526 · OH-1004

细胞质0.159

排名 2 · LXL04_022526 · OH-1004

线粒体0.035

排名 3 · LXL04_022526 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 4 · LXL04_022526 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_022526 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14551.12MCM_N13-97 aa

PF17207.10MCM_OB143-229 aa

PF17207.10MCM_OB238-292 aa

PF00493.30MCM332-430 aa

PF14551.12MCM_N434-508 aa

PF01624.26MutS_I822-849 aa

PF05188.24MutS_II927-1012 aa

PF05192.24MutS_III1115-1152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022526	`PF14551.12`	MCM_N	13	97	4e-21	76.0
LXL04_022526	`PF17207.10`	MCM_OB	143	229	7.1e-31	107.3
LXL04_022526	`PF17207.10`	MCM_OB	238	292	7.1e-31	107.3
LXL04_022526	`PF00493.30`	MCM	332	430	1.5e-19	70.7
LXL04_022526	`PF14551.12`	MCM_N	434	508	4e-21	76.0
LXL04_022526	`PF01624.26`	MutS_I	822	849	2.6e-09	38.0
LXL04_022526	`PF05188.24`	MutS_II	927	1012	3.7e-08	34.6
LXL04_022526	`PF05192.24`	MutS_III	1115	1152	1.6e-08	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43299`	拟南芥	DNA replication licensing factor MCM7	69.144%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O04716`	拟南芥	DNA mismatch repair protein MSH6	47.246%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QNM1`	水稻	DNA replication licensing factor MCM7	71.910%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8BMI1`	水稻	DNA replication licensing factor MCM7	71.910%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情