LXL04_022433 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022433

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 150311768-150320227 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6582 bp · LXL04_022433|LXL04_022433|OH1004|cDNA

ATGGAAGGAAGTTCTTCTGGGAAGAAAAAAAGAGCTTCCCGGAGTCAAGATCATGGCTTTGCAGAGTTGATCTTTTCATGGTCTCTCGACGACATAGTCAACGACGGCCTTTACGAACACCAGGTGGAGAAAATACCACTTACTTTCCAGTCTGAAGAACACTATTTCCGTTCTTTTGTTTATCCATTGCTAGAGGAAACACGTACTGAATTAGCTTCCACTATGAAGATGATGTACAGAGCACCATTTGCAGAAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

6582 bp · LXL04_022433|LXL04_022433|OH1004|CDS

ATGGAAGGAAGTTCTTCTGGGAAGAAAAAAAGAGCTTCCCGGAGTCAAGATCATGGCTTTGCAGAGTTGATCTTTTCATGGTCTCTCGACGACATAGTCAACGACGGCCTTTACGAACACCAGGTGGAGAAAATACCACTTACTTTCCAGTCTGAAGAACACTATTTCCGTTCTTTTGTTTATCCATTGCTAGAGGAAACACGTACTGAATTAGCTTCCACTATGAAGATGATGTACAGAGCACCATTTGCAGAAATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2193 aa · LXL04_022433|LXL04_022433|OH1004|PROTEIN

MEGSSSGKKKRASRSQDHGFAELIFSWSLDDIVNDGLYEHQVEKIPLTFQSEEHYFRSFVYPLLEETRTELASTMKMMYRAPFAEISSLRKAKGKEKKMYDVTVGDWRNSERRKEPYRTLPGDLLILANGEPGSVSDLQSNKWAFLLDDDGTPVQFKVTASQEIEIHDGMFVVFLMNITTQKRIWNSLHKHANLDIIKEILYPDSMVKEKCDECSLGCNSAIQTFDPNLVSKLNESQKAAIMAAIHKMDCSHKSSVEQIW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022433`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022433

位置 Chr04:150311768-150320227 (+)

描述 Similar to TRANK1: TPR and ankyrin repeat-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15570`	可能的解旋酶可以调节参与核仁组织和花粉管引导的 RNA 分子。	Attractive and repulsive interactions between female and male gametophytes in Arabidopsis pollen tube guidance.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.20.4511 MAA3 (MAGATAMA3) helicase gene is required for female gametophyte development and pollen tube guidance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn130

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022433 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15570

hsa:9881

mmu:320429

sce:YLR430W

spo:2541556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.495

排名 1 · LXL04_022433 · OH-1004

细胞质0.407

排名 2 · LXL04_022433 · OH-1004

线粒体0.065

排名 3 · LXL04_022433 · OH-1004

细胞膜0.049

排名 4 · LXL04_022433 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_022433 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20073.6DUF646917-208 aa

PF13086.13AAA_11232-435 aa

PF13245.13AAA_19253-595 aa

PF13086.13AAA_11524-600 aa

PF13087.13AAA_12607-803 aa

PF13245.13AAA_191050-1342 aa

PF00580.28UvrD-helicase1251-1339 aa

PF13361.13UvrD_C1473-1561 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022433	`PF20073.6`	DUF6469	17	208	7.7e-68	228.8
LXL04_022433	`PF13086.13`	AAA_11	232	435	1.5e-37	130.5
LXL04_022433	`PF13245.13`	AAA_19	253	595	2.1e-16	61.0
LXL04_022433	`PF13086.13`	AAA_11	524	600	1.5e-37	130.5
LXL04_022433	`PF13087.13`	AAA_12	607	803	4.1e-61	206.7
LXL04_022433	`PF13245.13`	AAA_19	1050	1342	2.1e-16	61.0
LXL04_022433	`PF00580.28`	UvrD-helicase	1251	1339	9e-12	46.0
LXL04_022433	`PF13361.13`	UvrD_C	1473	1561	4.4e-06	27.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6SFA4`	拟南芥	Probable helicase MAGATAMA 3	34.516%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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