LXL04_022299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147796150-147796536 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

387 bp · LXL04_022299|LXL04_022299|OH1004|cDNA

ATGCTGCTCTCAGTATTTCTCGCCCTCTTCCTCCCCTGTGCCGGCATGAGCGCTGTCTTCCTCATCTACATTTGCTTGCTCTGCTACGCCGCCCGCCACTACCATCCTGATGATCCGGTAAAACCCGCCACCGAAGAAGGTCTATCTTCCAACCAGCTCGCCAGATTGCCGACCACCATGGGGAAGGACCTGGTATTGGGGACGGAATGCGCCGTCTGCCTTGACGATATCGAGCCGGAGCAACGTGCTCGGATGTTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

387 bp · LXL04_022299|LXL04_022299|OH1004|CDS

ATGCTGCTCTCAGTATTTCTCGCCCTCTTCCTCCCCTGTGCCGGCATGAGCGCTGTCTTCCTCATCTACATTTGCTTGCTCTGCTACGCCGCCCGCCACTACCATCCTGATGATCCGGTAAAACCCGCCACCGAAGAAGGTCTATCTTCCAACCAGCTCGCCAGATTGCCGACCACCATGGGGAAGGACCTGGTATTGGGGACGGAATGCGCCGTCTGCCTTGACGATATCGAGCCGGAGCAACGTGCTCGGATGTTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

128 aa · LXL04_022299|LXL04_022299|OH1004|PROTEIN

MLLSVFLALFLPCAGMSAVFLIYICLLCYAARHYHPDDPVKPATEEGLSSNQLARLPTTMGKDLVLGTECAVCLDDIEPEQRARMFPGCNHGFHVQCADTWLSKNPVCPVCRNKLDADFFVPPEANPC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022299`
TK1151 ID	TkA05G468300
OH-1004 ID	LXL04_022299
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022299

位置 Chr04:147796150-147796536 (-)

描述 Similar to ATL23: E3 ubiquitin-protein ligase ATL23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42200`	E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。	暂无已核实直接文献
`At2g42350`	RING-H2指蛋白ATL40。	暂无已核实直接文献
`At5g05810`	RING-H2 指蛋白 ATL43。	暂无已核实直接文献
`At3g10910`	RING-H2 指蛋白 ATL72。	暂无已核实直接文献
`At1g72220`	RING-H2 指蛋白 ATL54。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72220

ath:AT2G42350

ath:AT3G10910

ath:AT5G05810

ath:AT5G42200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.258

排名 1 · LXL04_022299 · OH-1004

内质网0.250

排名 2 · LXL04_022299 · OH-1004

细胞膜0.245

排名 3 · LXL04_022299 · OH-1004

高尔基体0.239

排名 4 · LXL04_022299 · OH-1004

细胞质0.217

排名 5 · LXL04_022299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_269-112 aa

PF17123.12zf-RING_1169-97 aa

PF13923.13zf-C3HC4_269-111 aa

PF00097.32zf-C3HC470-111 aa

PF12678.14zf-rbx184-112 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022299	`PF13639.13`	zf-RING_2	69	112	1.4e-13	51.5
LXL04_022299	`PF17123.12`	zf-RING_11	69	97	7.1e-11	42.3
LXL04_022299	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	69	111	8e-08	32.7
LXL04_022299	`PF00097.32`	zf-C3HC4	70	111	5.6e-07	30.0
LXL04_022299	`PF12678.14`	zf-rbx1	84	112	4.5e-08	33.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L9W3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL23	50.794%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SLC4`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL40	52.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5EAE9`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL43	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SG96`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL72	36.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LFY8`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL54	48.077%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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