LXL04_022297 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022297

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147768540-147771639 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1296 bp · LXL04_022297|LXL04_022297|OH1004|cDNA

ATGTTATATACTGTTCTTCTTGCTAttctagagagagaaagtaCAAGAGAGATGAAGCAGCAGCTATCCTCGATCAACTCAACATCGCCGGAGACCACCACGACCATCGTCTTCAACCGCCATAGATATTTATCTCTCTTCGCCTCCGACCACCGTGACTTCCTTCTCACTCCCACCGGAGCTCAGTTAAAAATTTCAGACCTTCAAGACAAAATCGTTGGCATTTACTTTTCAGCAAATTGGTATCCACAATGTCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · LXL04_022297|LXL04_022297|OH1004|CDS

ATGTTATATACTGTTCTTCTTGCTATTCTAGAGAGAGAAAGTACAAGAGAGATGAAGCAGCAGCTATCCTCGATCAACTCAACATCGCCGGAGACCACCACGACCATCGTCTTCAACCGCCATAGATATTTATCTCTCTTCGCCTCCGACCACCGTGACTTCCTTCTCACTCCCACCGGAGCTCAGTTAAAAATTTCAGACCTTCAAGACAAAATCGTTGGCATTTACTTTTCAGCAAATTGGTATCCACAATGTCAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

431 aa · LXL04_022297|LXL04_022297|OH1004|PROTEIN

MLYTVLLAILERESTREMKQQLSSINSTSPETTTTIVFNRHRYLSLFASDHRDFLLTPTGAQLKISDLQDKIVGIYFSANWYPQCQSFTKLLIQVYQQIKEKKGSNFEIIFVSSDEDLNAFNNYYQSNMPWLAIPFSDLDTKKALNKKFDVEGIPCLIILQPDDHAGILQDGVELIYRYGVEAYPFTKERLDELLKQEKEKHEQQTLSNLLMNHDRDFLLAHSSSKKVSISSIIGKTIGLYFSAHWCLPSLKFTPKLISI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022297`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022297

位置 Chr04:147768540-147771639 (-)

描述 Similar to Os01g0794400: Probable nucleoredoxin 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60420`	可能的硫醇-二硫键氧化还原酶，需要于花粉管生长和雌蕊中的花粉功能。	暂无已核实直接文献
`At4g31240`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0794400`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`Os03g0405500`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`Os03g0405900`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022297 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004791 thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity 分子功能

GO:0047134 protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60420

dosa:Os01g0794400

dosa:Os03g0405500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.641

排名 1 · LXL04_022297 · OH-1004

细胞核0.321

排名 2 · LXL04_022297 · OH-1004

细胞膜0.098

排名 3 · LXL04_022297 · OH-1004

线粒体0.085

排名 4 · LXL04_022297 · OH-1004

内质网0.078

排名 5 · LXL04_022297 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00578.28AhpC-TSA59-163 aa

PF13905.13Thioredoxin_870-163 aa

PF13905.13Thioredoxin_8235-330 aa

PF03107.23C1_2378-422 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022297	`PF00578.28`	AhpC-TSA	59	163	2.2e-10	41.3
LXL04_022297	`PF13905.13`	Thioredoxin_8	70	163	9.2e-58	193.4
LXL04_022297	`PF13905.13`	Thioredoxin_8	235	330	9.2e-58	193.4
LXL04_022297	`PF03107.23`	C1_2	378	422	5.2e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80763`	拟南芥	Probable nucleoredoxin 1	41.885%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VZQ0`	拟南芥	Probable nucleoredoxin 3	37.566%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JIL1`	水稻	Probable nucleoredoxin 2	50.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7Y0E8`	水稻	Probable nucleoredoxin 1-1	40.838%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7Y0F2`	水稻	Probable nucleoredoxin 1-2	41.039%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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