LXL04_022227 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022227

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146472405-146474217 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1671 bp · LXL04_022227|LXL04_022227|OH1004|cDNA

ATGGAGGGTGCTGTTCGTTGTTCTGCAAATTACGTTCCTCTTTCACCAATAAGTTTTCTGGAACGAGCAGCTCGTGTTTATGGAGATAGAGTTTCCATTGTTTATGGGGATTACGTGAAGTTCACTTGGAAAGAGACTTATGAACGATGTGTTAAGCTTGCTTCTGCTTTAGTGACACACTTGGGAATATCTCACGGTGACATTGTGGCTGCATTGGCACCAAATGTTCCTGAGTTATACGAGTTACATTTTGGAGTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1671 bp · LXL04_022227|LXL04_022227|OH1004|CDS

ATGGAGGGTGCTGTTCGTTGTTCTGCAAATTACGTTCCTCTTTCACCAATAAGTTTTCTGGAACGAGCAGCTCGTGTTTATGGAGATAGAGTTTCCATTGTTTATGGGGATTACGTGAAGTTCACTTGGAAAGAGACTTATGAACGATGTGTTAAGCTTGCTTCTGCTTTAGTGACACACTTGGGAATATCTCACGGTGACATTGTGGCTGCATTGGCACCAAATGTTCCTGAGTTATACGAGTTACATTTTGGAGTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

556 aa · LXL04_022227|LXL04_022227|OH1004|PROTEIN

MEGAVRCSANYVPLSPISFLERAARVYGDRVSIVYGDYVKFTWKETYERCVKLASALVTHLGISHGDIVAALAPNVPELYELHFGVPMAGGVLCNLNTRYDSKMVAILLEFSNAKVIFVDYEFLDVANEAIEILGEKSSYVPKIILIPESDKHLSMTKIPVTCDHNILEHKDLLALGSLGFEIKGPNDECDAIALSFTSGTTGNAKGVVYSHRGAYLNSLVVALIMEMPPMPVFLWSVPMFHCNGWCFAWAMAAQGGKNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022227`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022227

位置 Chr04:146472405-146474217 (+)

描述 Similar to AAE1: Probable acyl-activating enzyme 1, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20560`	催化辅酶A与丁酸结合生成丁酰辅酶A。	暂无已核实直接文献
`At2g17650`	催化CoA与异戊酸结合生成3-甲基丁酰-CoA。	暂无已核实直接文献
`At1g76290`	可能作为酸-硫醇连接酶，通过形成酰基辅酶A活化羧酸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022227 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016405 CoA-ligase activity 分子功能

GO:0016874 ligase activity 分子功能

GO:0031956 medium-chain fatty acid-CoA ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20560

ath:AT1G76290

ath:AT2G17650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · LXL04_022227 · OH-1004

过氧化物酶体0.176

排名 2 · LXL04_022227 · OH-1004

细胞核0.154

排名 3 · LXL04_022227 · OH-1004

质体0.090

排名 4 · LXL04_022227 · OH-1004

线粒体0.078

排名 5 · LXL04_022227 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding20-411 aa

PF13193.13AMP-binding_C462-535 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022227	`PF00501.35`	AMP-binding	20	411	6.3e-71	239.9
LXL04_022227	`PF13193.13`	AMP-binding_C	462	535	9e-19	68.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HUK6`	拟南芥	Butanoate--CoA ligase AAE1	58.942%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SEY5`	拟南芥	Isovalerate--CoA ligase AAE2	54.234%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SFW5`	拟南芥	Probable acyl-activating enzyme 21	53.902%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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