LXL04_022208 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022208

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146088351-146091404 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3054 bp · LXL04_022208|LXL04_022208|OH1004|cDNA

ATGGATGATTCTCACGATCGTCGGAACATCCGGAATATGTGCATTCTTGCTCATGTTGATCATGGAAAGACTACTCTTGCCGATCACCTGATTGCCTCGTCTGGAGGTGGGGTTCTCCATCCCAAACAAGCTGGTCGACTTCGGTTCATGGATTATCTAGACGAAGAACAAAGGCGGGCGATAACCATGAAGAGTTCCTCAATCGGTCTTCAATACAAGGGTCACGCGATAAACCTTATTGATTCACCTGGTCATATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3054 bp · LXL04_022208|LXL04_022208|OH1004|CDS

ATGGATGATTCTCACGATCGTCGGAACATCCGGAATATGTGCATTCTTGCTCATGTTGATCATGGAAAGACTACTCTTGCCGATCACCTGATTGCCTCGTCTGGAGGTGGGGTTCTCCATCCCAAACAAGCTGGTCGACTTCGGTTCATGGATTATCTAGACGAAGAACAAAGGCGGGCGATAACCATGAAGAGTTCCTCAATCGGTCTTCAATACAAGGGTCACGCGATAAACCTTATTGATTCACCTGGTCATATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1017 aa · LXL04_022208|LXL04_022208|OH1004|PROTEIN

MDDSHDRRNIRNMCILAHVDHGKTTLADHLIASSGGGVLHPKQAGRLRFMDYLDEEQRRAITMKSSSIGLQYKGHAINLIDSPGHMDFCSEVSTASRLSDGGLVLVDAVEGVHIQTHAVLRQAWIEKLTPCLVLNKIDRLIVELKLSPMEAYNRLQRIVHEVNSIVSTYKSEKYLSDVDSILAGPAGEVSDENQELIEDDEEDTFQPQKGNVVFACALDGWGFSICEFADFYASKLGASSSILQKAFWGPRYFIPKTKMI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022208`
TK1151 ID	TkA05G450730
OH-1004 ID	LXL04_022208
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 29.892 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_022208`
位置	Chr04:146088351-146091404 (-)
描述	Similar to Efl1: Elongation factor-like GTPase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022208` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006414 translational elongation 生物过程 GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0042256 cytosolic ribosome assembly 生物过程 GO:0046039 GTP metabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能 GO:0003924 GTPase activity 分子功能 GO:0005525 GTP binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG2238 gga:396325 mmu:101592 spo:2539293 xla:380348 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · LXL04_022208 · OH-1004

细胞核0.310

排名 2 · LXL04_022208 · OH-1004

线粒体0.127

排名 3 · LXL04_022208 · OH-1004

过氧化物酶体0.066

排名 4 · LXL04_022208 · OH-1004

高尔基体0.050

排名 5 · LXL04_022208 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009.34GTP_EFTU9-225 aa

PF22042.3EF-G_D2443-524 aa

PF03144.32GTP_EFTU_D2444-523 aa

PF14492.13EFG_III541-610 aa

PF25118.2EFL1660-743 aa

PF00679.31EFG_C876-960 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022208	`PF00009.34`	GTP_EFTU	9	225	1.1e-45	156.3
LXL04_022208	`PF22042.3`	EF-G_D2	443	524	4e-08	34.0
LXL04_022208	`PF03144.32`	GTP_EFTU_D2	444	523	1.1e-07	32.8
LXL04_022208	`PF14492.13`	EFG_III	541	610	7.8e-08	33.0
LXL04_022208	`PF25118.2`	EFL1	660	743	1.5e-12	48.7
LXL04_022208	`PF00679.31`	EFG_C	876	960	2e-17	63.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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