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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022138
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 145198850-145200906 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1212 bp · LXL04_022138|LXL04_022138|OH1004|cDNA

ATGGCATCATCCATGGTGCCCGCTCTATCTTCATCCCTCTGCACAACTCCTCAGAAGCCATCAATAATATTCATCCCTTTCTTACCCTCATTTCAGAAGTCCATTTCCCTCCAATTTAACTTCAAATTCCGCAAACCCATATTCAAATTCAATCAGAAGAACACCGTCACCCTAACGGCAATCACCTGTTTGAAATCACGAAGTACATATGAAGCACCAGCAACGAATTCAAGTTACGCTGTCACTGCTCCATCATTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · LXL04_022138|LXL04_022138|OH1004|CDS

ATGGCATCATCCATGGTGCCCGCTCTATCTTCATCCCTCTGCACAACTCCTCAGAAGCCATCAATAATATTCATCCCTTTCTTACCCTCATTTCAGAAGTCCATTTCCCTCCAATTTAACTTCAAATTCCGCAAACCCATATTCAAATTCAATCAGAAGAACACCGTCACCCTAACGGCAATCACCTGTTTGAAATCACGAAGTACATATGAAGCACCAGCAACGAATTCAAGTTACGCTGTCACTGCTCCATCATTGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

403 aa · LXL04_022138|LXL04_022138|OH1004|PROTEIN

MASSMVPALSSSLCTTPQKPSIIFIPFLPSFQKSISLQFNFKFRKPIFKFNQKNTVTLTAITCLKSRSTYEAPATNSSYAVTAPSLSESNGHRNWIVVVKAPPPQHAVSKPDIIDYYVKILERVLGRWLIQFLSLESNSEKEAQGCIYNASYDTHFGFCCDIDEETSQKLAGLPEVLSINPDPDFNSIQKDYTNEKTESLLSNKLKNWLVRVEMPPLAVITRAQLVDYYTQILTKVLGNEKDAQKCIYHISSQSNYGFCC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022138
TK1151 IDTkA05G447270
OH-1004 IDLXL04_022138
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022138
位置Chr04:145198850-145200906 (+)
描述Similar to ORRM1: Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g20930 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110
At1g73530 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An Organelle RNA Recognition Motif Protein Is Required for Photosystem II Subunit psbF Transcript Editing.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01623
At5g06210 可能的RNA结合蛋白，可能参与盐胁迫和氧化胁迫耐受。
The Arabidopsis chloroplast protein S-RBP11 is involved in oxidative and salt stress responses.2014 · DOI: 10.1007/s00299-013-1560-9

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0730800 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900871 chloroplast mRNA modification 生物过程
GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73530
ath:AT3G20930
ath:AT5G06210
dosa:Os02g0730800
osa:4330618
zma:100304402
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.944
排名 1 · LXL04_022138 · OH-1004
线粒体0.063
排名 2 · LXL04_022138 · OH-1004
细胞质0.048
排名 3 · LXL04_022138 · OH-1004
细胞核0.039
排名 4 · LXL04_022138 · OH-1004
过氧化物酶体0.024
排名 5 · LXL04_022138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21864.2MORF_dom93-196 aa
PF21864.2MORF_dom206-294 aa
PF00076.29RRM_1314-380 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022138PF21864.2MORF_dom931962.2e-64214.0
LXL04_022138PF21864.2MORF_dom2062942.2e-64214.0
LXL04_022138PF00076.29RRM_13143806.1e-2071.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L440拟南芥Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic57.051%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FX45拟南芥Organelle RRM domain-containing protein 6, chloroplastic50.562%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FFZ6拟南芥Small RNA-binding protein 11, chloroplastic44.898%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6YWP9水稻Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic53.049%Swiss-Prot强数据库同源证据

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