RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022096
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 144558892-144564528 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1545 bp · LXL04_022096|LXL04_022096|OH1004|cDNA

ATGTCAGCTTTCATGTTGCTACAAACAACTTTTTACCACACCTACCTTGCTGATATCTCTCCTTTGATATCTGGAAGAGCTACCATGGGATCAGACAGTTGCAACTGGCATTCAGATTTGGACTATGACCAATGGGTTGCCCTTCCAGTAACTGGCCCACGACCATCATCTCGTTACAAGCATACTGCAGGCATCATTAATGAAAAGCTGTACATTGTTGGTGGAAGTCGTAATGGACGATATTTATCTGATGTTCAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1545 bp · LXL04_022096|LXL04_022096|OH1004|CDS

ATGTCAGCTTTCATGTTGCTACAAACAACTTTTTACCACACCTACCTTGCTGATATCTCTCCTTTGATATCTGGAAGAGCTACCATGGGATCAGACAGTTGCAACTGGCATTCAGATTTGGACTATGACCAATGGGTTGCCCTTCCAGTAACTGGCCCACGACCATCATCTCGTTACAAGCATACTGCAGGCATCATTAATGAAAAGCTGTACATTGTTGGTGGAAGTCGTAATGGACGATATTTATCTGATGTTCAGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

514 aa · LXL04_022096|LXL04_022096|OH1004|PROTEIN

MSAFMLLQTTFYHTYLADISPLISGRATMGSDSCNWHSDLDYDQWVALPVTGPRPSSRYKHTAGIINEKLYIVGGSRNGRYLSDVQALDLRNLIWSTIKLKPQSDPDNKKDGKLLEAFPATSGHSMVKWGNKLLLLGGHSKNTSDTVAVRFIDLESHVSGLIETTGKTPVARGGQSVTLIGSKLIMFGGEDKNRRLLNDVHVLDLETMIWNVAETTRTPPAPRFDHTAAVHGDRYLQIFGGCSHSTFFSDLHVLDLETLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022096
TK1151 IDTkA05G444640
OH-1004 IDLXL04_022096
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 94.553
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022096
位置Chr04:144558892-144564528 (-)
描述Similar to ACBP6: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g27630 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
At3g05420 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins ACBP4 and ACBP5 are subcellularly localized to the cytosol and ACBP4 depletion affects membrane lipid composition.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9392-7

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0835600 以高亲和力结合中链和长链酰基辅酶 A 酯。
The rice acyl-CoA-binding protein gene family: phylogeny, expression and functional analysis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03546.x
Subcellular localization of rice acyl-CoA-binding proteins (ACBPs) indicates that OsACBP6::GFP is targeted to the peroxisomes.2014 · DOI: 10.1111/nph.12809
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022096 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006869 lipid transport 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0010008 endosome membrane 细胞组分
GO:0000062 fatty-acyl-CoA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G05420
ath:AT5G27630
bta:533613
ddi:DDB_G0268860
dosa:Os03g0835600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.452
排名 1 · LXL04_022096 · OH-1004
细胞核0.266
排名 2 · LXL04_022096 · OH-1004
高尔基体0.111
排名 3 · LXL04_022096 · OH-1004
过氧化物酶体0.106
排名 4 · LXL04_022096 · OH-1004
细胞膜0.101
排名 5 · LXL04_022096 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC736-102 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR136-176 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX4244-101 aa
PF01344.32Kelch_158-98 aa
PF13854.13Kelch_HCF79-241 aa
PF25210.2Kelch_FKB9595-235 aa
PF13854.13Kelch_HCF119-291 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX42120-247 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022096PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7361025.2e-68229.4
LXL04_022096PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1361764.1e-52178.0
LXL04_022096PF13415.13Beta-prop_FBX42441014.5e-51174.1
LXL04_022096PF01344.32Kelch_158984.2e-29100.4
LXL04_022096PF13854.13Kelch_HCF792411.9e-31110.3
LXL04_022096PF25210.2Kelch_FKB95952351.8e-1454.7
LXL04_022096PF13854.13Kelch_HCF1192911.9e-31110.3
LXL04_022096PF13415.13Beta-prop_FBX421202474.5e-51174.1
LXL04_022096PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC71233245.2e-68229.4
LXL04_022096PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR11352914.1e-52178.0
LXL04_022096PF07646.22Kelch_21722101.2e-2073.0
LXL04_022096PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR11853534.1e-52178.0
LXL04_022096PF13418.13Beta-prop_TYW42203918.1e-1246.3
LXL04_022096PF13415.13Beta-prop_FBX422243824.5e-51174.1
LXL04_022096PF24922.1ACBP4_C4095001.7e-35122.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RWD9拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 544.720%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9MA55拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 443.611%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q75LJ4水稻Acyl-CoA-binding domain-containing protein 645.267%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看