基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_021967
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 141569342-141576839
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4122 bp · LXL04_021967|LXL04_021967|OH1004|cDNA
ATGATGTCACGAGGTTTATTTGGTTGGTCACCGCCGCGACAACAGCCTCTAACGCCGGTATCGGAGGTGTCGGAGTGTCCGTCTCCTTACGTAGACACGAGCCAAGATGCGGTACCTACAGAAATTGAGGATGTAGTGGAGGAAACGGAGGAGATCGAGCCGCCTCCTGAAACAGTGCCGTTTTCGAGACTTTTTGCCTGTGCTGATAAGCTTGATTGGATGCTTATGATAGTTGGATCGGTTGCTGCGGCGGCGCATGG...
CDS
下载 CDS FASTA4122 bp · LXL04_021967|LXL04_021967|OH1004|CDS
ATGATGTCACGAGGTTTATTTGGTTGGTCACCGCCGCGACAACAGCCTCTAACGCCGGTATCGGAGGTGTCGGAGTGTCCGTCTCCTTACGTAGACACGAGCCAAGATGCGGTACCTACAGAAATTGAGGATGTAGTGGAGGAAACGGAGGAGATCGAGCCGCCTCCTGAAACAGTGCCGTTTTCGAGACTTTTTGCCTGTGCTGATAAGCTTGATTGGATGCTTATGATAGTTGGATCGGTTGCTGCGGCGGCGCATGG...
1373 aa · LXL04_021967|LXL04_021967|OH1004|PROTEIN
MMSRGLFGWSPPRQQPLTPVSEVSECPSPYVDTSQDAVPTEIEDVVEETEEIEPPPETVPFSRLFACADKLDWMLMIVGSVAAAAHGTALVVYLHYFAKIIQLLSHGDESSDVLFDRFKELALTLLYIACGVFAAGWIEVSCWILTGERQTAVIRSSYVQVLLNQDMSFFDTYGNNGDIVSQVLSDVLLIQSALSEKVGNYIHNMATFFSGLAIGFLNCWQIAGLTLLTGPFIVAAGGISNIFLHRLAENIQDAYSEAAS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_021967 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA05G435990 |
| OH-1004 ID | LXL04_021967 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 87.500 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 99.829 / OH-1004 48.434覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_021967 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:141569342-141576839 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to ABCB20: ABC transporter B family member 20 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0008361 regulation of cell size 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0009637 response to blue light 生物过程 GO:0009639 response to red or far red light 生物过程 GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程 GO:0009733 response to auxin 生物过程 GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009926 auxin polar transport 生物过程 GO:0009958 positive gravitropism 生物过程 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G10680 ath:AT2G36910 ath:AT2G39480 ath:AT3G55320 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.417
溶酶体／液泡0.279
内质网0.155
细胞质0.134
高尔基体0.090
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00664.29ABC_membrane77-348 aaPF00005.34ABC_tran422-567 aaPF00664.29ABC_membrane805-1070 aaPF00005.34ABC_tran1142-1290 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_021967 | PF00664.29 | ABC_membrane | 77 | 348 | 1.2e-80 | 271.9 |
| LXL04_021967 | PF00005.34 | ABC_tran | 422 | 567 | 1.1e-54 | 185.4 |
| LXL04_021967 | PF00664.29 | ABC_membrane | 805 | 1070 | 1.2e-80 | 271.9 |
| LXL04_021967 | PF00005.34 | ABC_tran | 1142 | 1290 | 1.1e-54 | 185.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9M3B9 | 拟南芥 | ABC transporter B family member 20 | 77.347% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q8LPT1 | 拟南芥 | ABC transporter B family member 6 | 77.347% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9ZR72 | 拟南芥 | ABC transporter B family member 1 | 40.506% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SGY1 | 拟南芥 | ABC transporter B family member 10 | 39.350% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O80725 | 拟南芥 | ABC transporter B family member 4 | 37.710% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |