LXL04_021933 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021933

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 140642809-140644660 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1152 bp · LXL04_021933|LXL04_021933|OH1004|cDNA

ATGGGTTCTTGTTTCAGTGTCGGATTAAAGATTGAAAGCTCACGTTTAGATGGTAAAGTTACATCGGCGTCAGTGCCGCCGAGTCCCCGGAGCCCTAGAACTCAAGACCAAATCTTACAATCGGGAAAATTAAAACCGTTCAGTTTCAATGTACTTAAAATGGCGACAAGAAATTTCCGACCCGATAGTGTACTTGGAGAAGGTGGATTCGGGTCGGTTTTTAAAGGATGGATCGACGAACACTCGCTTACGGCTGCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · LXL04_021933|LXL04_021933|OH1004|CDS

ATGGGTTCTTGTTTCAGTGTCGGATTAAAGATTGAAAGCTCACGTTTAGATGGTAAAGTTACATCGGCGTCAGTGCCGCCGAGTCCCCGGAGCCCTAGAACTCAAGACCAAATCTTACAATCGGGAAAATTAAAACCGTTCAGTTTCAATGTACTTAAAATGGCGACAAGAAATTTCCGACCCGATAGTGTACTTGGAGAAGGTGGATTCGGGTCGGTTTTTAAAGGATGGATCGACGAACACTCGCTTACGGCTGCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · LXL04_021933|LXL04_021933|OH1004|PROTEIN

MGSCFSVGLKIESSRLDGKVTSASVPPSPRSPRTQDQILQSGKLKPFSFNVLKMATRNFRPDSVLGEGGFGSVFKGWIDEHSLTAAKPGTGTVIAVKRLNQEGLQGHQEWLAEINYLGLLNHPNLVKLIGYCLEDDHRLLVYEFMPRGSLENHLFRRSSYFQPLSWNLRIKVALGAAKGLAYLHSPEAKVIYRDFKSSNILIDSNYNAKLSDFGLAKDGPADGKSHVSTRVMGTYGYAAPEYMATGHLTARSDIYSFGVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021933`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021933

位置 Chr04:140642809-140644660 (-)

描述 Similar to PBL9: Probable serine/threonine-protein kinase PBL9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07570`	可能的双功能激酶。	Novel protein kinase of Arabidopsis thaliana (APK1) that phosphorylates tyrosine, serine and threonine.1992 · DOI: 10.1007/bf00046450
`At2g28930`	可能的双功能激酶。	Light-induced stomatal opening is affected by the guard cell protein kinase APK1b.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0097161
`At5g02290`	可能在植物生长和发育的调节中发挥作用（可能）。	暂无已核实直接文献
`At2g39660`	在免疫反应中起核心作用。	The membrane-anchored BOTRYTIS-INDUCED KINASE1 plays distinct roles in Arabidopsis resistance to necrotrophic and biotrophic pathogens.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.035576 Phosphorylation of receptor-like cytoplasmic kinases by bacterial flagellin.2010 · DOI: 10.4161/psb.11500 Receptor-like cytoplasmic kinases integrate signaling from multiple plant immune receptors and are targeted by a Pseudomonas syringae effector.2010 · DOI: 10.1016/j.chom.2010.03.007 A Xanthomonas uridine 5'-monophosphate transferase inhibits plant immune kinases.2012 · DOI: 10.1038/nature10962 BIK1 interacts with PEPRs to mediate ethylene-induced immunity.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1215543110 Inverse modulation of plant immune and brassinosteroid signaling pathways by the receptor-like cytoplasmic kinase BIK1.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1302154110 Identification and functional analysis of phosphorylation residues of the Arabidopsis BOTRYTIS-INDUCED KINASE1.2013 · DOI: 10.1007/s13238-013-3053-6 The FLS2-associated kinase BIK1 directly phosphorylates the NADPH oxidase RbohD to control plant immunity.2014 · DOI: 10.1016/j.chom.2014.02.009 Microbe-associated molecular pattern-induced calcium signaling requires the receptor-like cytoplasmic kinases, PBL1 and BIK1.2014 · DOI: 10.1186/s12870-014-0374-4 Regulatory role of BOTRYTIS INDUCED KINASE1 in ETHYLENE INSENSITIVE3-dependent gene expression in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1007/s00299-015-1812-y The Decoy Substrate of a Pathogen Effector and a Pseudokinase Specify Pathogen-Induced Modified-Self Recognition and Immunity in Plants.2015 · DOI: 10.1016/j.chom.2015.08.004 The MAP4 Kinase SIK1 Ensures Robust Extracellular ROS Burst and Antibacterial Immunity in Plants.2018 · DOI: 10.1016/j.chom.2018.08.007 Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3 The calcium-permeable channel OSCA1.3 regulates plant stomatal immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2702-1 The Arabidopsis MIK2 receptor elicits immunity by sensing a conserved signature from phytocytokines and microbes.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-25580-w

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0110900`	在介导先天免疫的微生物肽聚糖和真菌几丁质信号通路中的 CERK1 下游发挥作用。	OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021933 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07570

ath:AT2G28930

ath:AT2G39660

ath:AT5G02290

dosa:Os05g0110900

osa:4337593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.689

排名 1 · LXL04_021933 · OH-1004

细胞质0.256

排名 2 · LXL04_021933 · OH-1004

细胞核0.245

排名 3 · LXL04_021933 · OH-1004

内质网0.037

排名 4 · LXL04_021933 · OH-1004

高尔基体0.026

排名 5 · LXL04_021933 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase62-339 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr63-341 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021933	`PF00069.32`	Pkinase	62	339	3.4e-46	158.5
LXL04_021933	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	63	341	4.5e-45	154.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q06548`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL9	68.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P46573`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL10	73.125%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P43293`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL11	62.629%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48814`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase BIK1	63.859%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q65XV8`	水稻	Receptor-like cytoplasmic kinase 176	62.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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