LXL04_021872 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021872

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138953745-138964004 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2952 bp · LXL04_021872|LXL04_021872|OH1004|cDNA

ATGGTGTCTGCCGGAACTTCCACCTTCCGGGATCGGACATCAGAATTCCGATCTCTGTCGGACACATTGAAAAAGATTGGGCGAATACCAGCTCCCAGTCCAGATCGATCAAATCAGCAAAACGATCCATCGACGTCATCTAAACTACCGCTAACTCCTTCTTCATCTCGATCCGAATTCAACAAGAAGGCTTCTCGTATCGGATTAGGCATCCATGAAACCTCCAAAAAAATCTCCAGACTCGCCAATCTGGCTAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2952 bp · LXL04_021872|LXL04_021872|OH1004|CDS

ATGGTGTCTGCCGGAACTTCCACCTTCCGGGATCGGACATCAGAATTCCGATCTCTGTCGGACACATTGAAAAAGATTGGGCGAATACCAGCTCCCAGTCCAGATCGATCAAATCAGCAAAACGATCCATCGACGTCATCTAAACTACCGCTAACTCCTTCTTCATCTCGATCCGAATTCAACAAGAAGGCTTCTCGTATCGGATTAGGCATCCATGAAACCTCCAAAAAAATCTCCAGACTCGCCAATCTGGCTAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

983 aa · LXL04_021872|LXL04_021872|OH1004|PROTEIN

MVSAGTSTFRDRTSEFRSLSDTLKKIGRIPAPSPDRSNQQNDPSTSSKLPLTPSSSRSEFNKKASRIGLGIHETSKKISRLANLAKKSSIFDDPLKEIQELTALIKNDITSLNVAVSDLQTLQNIEISEGDYSQDRVVHSTAVCDDLKNKLMSATKKFQEVLTTRTENIKAHENRRQIFSTSIGRENPLRQQPKSVMDPPPWSSPPKPSPSHQPPESSGVQVGNQLRRRLAVDSTTTTSSSTPSQNMGPAMLQQQQLVPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021872`
TK1151 ID	TkA05G429570
OH-1004 ID	LXL04_021872
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021872

位置 Chr04:138953745-138964004 (+)

描述 Similar to EGY2: Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05740`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`At5g05760`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g24350`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0142100`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AD72`	可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021872 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24350

ath:AT5G05740

ath:AT5G05760

dosa:Os01g0142100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.937

排名 1 · LXL04_021872 · OH-1004

内质网0.035

排名 2 · LXL04_021872 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_021872 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_021872 · OH-1004

高尔基体0.028

排名 5 · LXL04_021872 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05739.27SNARE264-303 aa

PF27677.1EGY3_M556-633 aa

PF02163.29Peptidase_M50781-914 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021872	`PF05739.27`	SNARE	264	303	1.1e-08	35.5
LXL04_021872	`PF27677.1`	EGY3_M	556	633	2.4e-33	114.6
LXL04_021872	`PF02163.29`	Peptidase_M50	781	914	2.2e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFK3`	拟南芥	Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	51.719%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFK1`	拟南芥	Syntaxin-31	59.801%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LK09`	拟南芥	Syntaxin-32	45.048%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JQS5`	水稻	Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	54.623%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8AD72`	水稻	Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic	58.285%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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