LXL04_021868 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021868

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138909726-138913303 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1797 bp · LXL04_021868|LXL04_021868|OH1004|cDNA

ATGGAACATCGGAGCTACAACAACCATAAGCGTCACCGCATGTCCGACGTCGTTTTCGAATGCGTAATCCCCTACATACACGACTCCCGCGACCGGCAATCGGTCTCCCTGGTGTGCCGGAGATGGTACGAGTTAGACGCGCAGACTCGGAAGCACGTAACGATCGCGTTGTGTTACTCGTCGACGCCGATTCAGCTATGGCGGAGGTTTCCGTATCTGGAATCGTTGAAATTAAAGGGGAAACCACGCGCCGCTATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · LXL04_021868|LXL04_021868|OH1004|CDS

ATGGAACATCGGAGCTACAACAACCATAAGCGTCACCGCATGTCCGACGTCGTTTTCGAATGCGTAATCCCCTACATACACGACTCCCGCGACCGGCAATCGGTCTCCCTGGTGTGCCGGAGATGGTACGAGTTAGACGCGCAGACTCGGAAGCACGTAACGATCGCGTTGTGTTACTCGTCGACGCCGATTCAGCTATGGCGGAGGTTTCCGTATCTGGAATCGTTGAAATTAAAGGGGAAACCACGCGCCGCTATGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

598 aa · LXL04_021868|LXL04_021868|OH1004|PROTEIN

MEHRSYNNHKRHRMSDVVFECVIPYIHDSRDRQSVSLVCRRWYELDAQTRKHVTIALCYSSTPIQLWRRFPYLESLKLKGKPRAAMYNLIPEDWGGFVTPWVEEFARSFRCLKAVHFRRMIVTDEDLRMLAIGRGHVLQVLKLDKCSGFSTDGLLQICRSCWNLKTLFLEESQVTEKDGEWLHELALNNTMLETLNFYMTDLSQVNFKDLELIATKCKSLISVKIGDCEILDLVGFFQAAVSLQEFSGGCFNDQAGAGAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021868`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021868

位置 Chr04:138909726-138913303 (-)

描述 Similar to COI1: Coronatine-insensitive protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39940`	茉莉酸调节的植物育性和防御过程以及冠菌素和/或其他激发子感知/反应所需。	Differential gene expression in response to mechanical wounding and insect feeding in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.5.707 The SCF(COI1) ubiquitin-ligase complexes are required for jasmonate response in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.003368 A conditionally fertile coi1 allele indicates cross-talk between plant hormone signalling pathways in Arabidopsis thaliana seeds and young seedlings.2002 · DOI: 10.1007/s00425-002-0787-4 Arabidopsis Mutants Selected for Resistance to the Phytotoxin Coronatine Are Male Sterile, Insensitive to Methyl Jasmonate, and Resistant to a Bacterial Pathogen.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.5.751 COI1 links jasmonate signalling and fertility to the SCF ubiquitin-ligase complex in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01432.x Characterization of the early response of Arabidopsis to Alternaria brassicicola infection using expression profiling.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.022186 Activation of a COI1-dependent pathway in Arabidopsis by Pseudomonas syringae type III effectors and coronatine.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2003.01986.x COI1: an Arabidopsis gene required for jasmonate-regulated defense and fertility.1998 · DOI: 10.1126/science.280.5366.1091

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0449500`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	Oryza sativa COI homologues restore jasmonate signal transduction in Arabidopsis coi1-1 mutants.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0052802
`Os01g0853400`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	OsbHLH148, a basic helix-loop-helix protein, interacts with OsJAZ proteins in a jasmonate signaling pathway leading to drought tolerance in rice.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04477.x Plant hormone jasmonate prioritizes defense over growth by interfering with gibberellin signaling cascade.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1201616109 silencing COI1 in rice increases susceptibility to chewing insects and impairs inducible defense.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0036214 Oryza sativa COI homologues restore jasmonate signal transduction in Arabidopsis coi1-1 mutants.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0052802 Priming of jasmonate-mediated antiherbivore defense responses in rice by silicon.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1305848110
`UniProt: A2WX30`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	暂无已核实直接文献
`Os03g0265500`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39940

dosa:Os01g0853400

dosa:Os03g0265500

dosa:Os05g0449500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.770

排名 1 · LXL04_021868 · OH-1004

细胞质0.158

排名 2 · LXL04_021868 · OH-1004

质体0.061

排名 3 · LXL04_021868 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_021868 · OH-1004

内质网0.026

排名 5 · LXL04_021868 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511.7F-box_513-52 aa

PF18791.8Transp_inhibit71-117 aa

PF29594.1LRR_SKP2129-232 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021868	`PF18511.7`	F-box_5	13	52	3.3e-21	75.2
LXL04_021868	`PF18791.8`	Transp_inhibit	71	117	7.9e-24	83.6
LXL04_021868	`PF29594.1`	LRR_SKP2	129	232	1.1e-12	48.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04197`	拟南芥	Coronatine-insensitive protein 1	65.794%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EH4`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1b	60.946%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Y9P5`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1a	59.483%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2WX30`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1a	59.483%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84QA7`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 2	56.944%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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