LXL04_021716 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021716

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 135820249-135832253 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2148 bp · LXL04_021716|LXL04_021716|OH1004|cDNA

ATGGCGATTCTTGTCTACCCCAGCATTCCAACTGCCTTGCTCTTGCAAAATCGTCGTCGATCAGTTCTACCAACTCCGGTCCGGTGTTCTTCTTCCGGCACTGTAAAATCCCCCACGTCTAAGGTAATAACAAGTTCCAATGGCGGAAAAAGCACGGGCGCTGCAGTTCTCTGGTACAAGAATGATCTTCGTGTCGATGACCATCCAGGTTTAATTGCTGCCTCCAAACATACTGTGGTTGTTCCTCTTTATGTCTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2148 bp · LXL04_021716|LXL04_021716|OH1004|CDS

ATGGCGATTCTTGTCTACCCCAGCATTCCAACTGCCTTGCTCTTGCAAAATCGTCGTCGATCAGTTCTACCAACTCCGGTCCGGTGTTCTTCTTCCGGCACTGTAAAATCCCCCACGTCTAAGGTAATAACAAGTTCCAATGGCGGAAAAAGCACGGGCGCTGCAGTTCTCTGGTACAAGAATGATCTTCGTGTCGATGACCATCCAGGTTTAATTGCTGCCTCCAAACATACTGTGGTTGTTCCTCTTTATGTCTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

715 aa · LXL04_021716|LXL04_021716|OH1004|PROTEIN

MAILVYPSIPTALLLQNRRRSVLPTPVRCSSSGTVKSPTSKVITSSNGGKSTGAAVLWYKNDLRVDDHPGLIAASKHTVVVPLYVYDHRILRYFTEEMLELLLFAVKDLRKSLKDVGSDLMIRSGRTESVIHDLVKEVRAANIYTEAEVEYDLQLVIEKVKDNLGDIKSPKLSLWSTPFYDIKNIMEIPLSYDKFQQIKLSVNSPLSSPKLHGTSTDLTWGTLPTLNDLKKLINDNPYKSKDSWTSIKNNSAESILQNAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021716`
TK1151 ID	TkA05G417310
OH-1004 ID	LXL04_021716
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.860 / OH-1004 99.021 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021716

位置 Chr04:135820249-135832253 (+)

描述 Similar to PPH: Pheophytinase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13800`	α/β 水解酶专门对不含镁的叶绿素色素进行去植酰化，产生脱镁叶绿酸。	Reverse genetic identification of CRN1 and its distinctive role in chlorophyll degradation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00945.x
`At5g24850`	可能具有光受体功能。	暂无已核实直接文献
`At2g47590`	蓝光光受体PHR2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021716 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000719 photoreactive repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0015996 chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003904 deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47590

ath:AT5G13800

ath:AT5G24850

gvi:glr0835

nph:NP_3456A

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.926

排名 1 · LXL04_021716 · OH-1004

线粒体0.050

排名 2 · LXL04_021716 · OH-1004

细胞质0.036

排名 3 · LXL04_021716 · OH-1004

细胞核0.031

排名 4 · LXL04_021716 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 5 · LXL04_021716 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00875.25DNA_photolyase55-185 aa

PF00561.27Abhydrolase_1432-538 aa

PF12146.16Hydrolase_4433-549 aa

PF12697.14Abhydrolase_6434-676 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021716	`PF00875.25`	DNA_photolyase	55	185	5.3e-19	69.5
LXL04_021716	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	432	538	7e-18	65.9
LXL04_021716	`PF12146.16`	Hydrolase_4	433	549	1e-07	32.2
LXL04_021716	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	434	676	6.2e-17	63.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFZ1`	拟南芥	Pheophytinase, chloroplastic	27.157%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84KJ5`	拟南芥	Cryptochrome DASH, chloroplastic/mitochondrial	29.187%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LB72`	拟南芥	Blue-light photoreceptor PHR2	26.400%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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