LXL04_021422 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021422

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 129571487-129571975 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

489 bp · LXL04_021422|LXL04_021422|OH1004|cDNA

ATGGCTCAACTCCCATCCAACCAATTCCAACAAGTCAACCAATTAAAAGACATTTTCACCCGCTTTGACCTCGATTCCGACGGCAGCCTCACCCATCTAGAACTCGCGGCCCTCTTCCGTGCTGTGGGTCTCAAACCAGGCAACGAAACCGACGACTTGGTAGCCAAATTGGACGCGAATGGAAACGGTTCCATCGAATTTGAAGAATTACTGAACGCCATTTTCCCCAATCCGACTGACGAGGTTTTCATCGACCATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

489 bp · LXL04_021422|LXL04_021422|OH1004|CDS

ATGGCTCAACTCCCATCCAACCAATTCCAACAAGTCAACCAATTAAAAGACATTTTCACCCGCTTTGACCTCGATTCCGACGGCAGCCTCACCCATCTAGAACTCGCGGCCCTCTTCCGTGCTGTGGGTCTCAAACCAGGCAACGAAACCGACGACTTGGTAGCCAAATTGGACGCGAATGGAAACGGTTCCATCGAATTTGAAGAATTACTGAACGCCATTTTCCCCAATCCGACTGACGAGGTTTTCATCGACCATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

162 aa · LXL04_021422|LXL04_021422|OH1004|PROTEIN

MAQLPSNQFQQVNQLKDIFTRFDLDSDGSLTHLELAALFRAVGLKPGNETDDLVAKLDANGNGSIEFEELLNAIFPNPTDEVFIDHDQLMKAFQLFDKDGDGSITPLELASQMAKMGHPLTYRELNDLMNDIDTDGDGIISFHEFSAVFGMPASEFFGIKTL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021422`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021422

位置 Chr04:129571487-129571975 (-)

描述 Similar to CML16: Probable calcium-binding protein CML16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g18530`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g32250`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0577500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0604500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18530

ath:AT1G32250

ath:AT3G25600

dosa:Os01g0604500

dosa:Os05g0577500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.458

排名 1 · LXL04_021422 · OH-1004

细胞核0.224

排名 2 · LXL04_021422 · OH-1004

质体0.128

排名 3 · LXL04_021422 · OH-1004

内质网0.088

排名 4 · LXL04_021422 · OH-1004

溶酶体／液泡0.083

排名 5 · LXL04_021422 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_713-73 aa

PF13405.13EF-hand_614-43 aa

PF00036.39EF-hand_115-41 aa

PF13499.13EF-hand_787-149 aa

PF21008.4AIF-187-146 aa

PF13405.13EF-hand_688-116 aa

PF00036.39EF-hand_189-116 aa

PF13202.13EF-hand_591-110 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021422	`PF13499.13`	EF-hand_7	13	73	8.3e-28	97.2
LXL04_021422	`PF13405.13`	EF-hand_6	14	43	2.6e-24	83.3
LXL04_021422	`PF00036.39`	EF-hand_1	15	41	2.6e-25	86.8
LXL04_021422	`PF13499.13`	EF-hand_7	87	149	8.3e-28	97.2
LXL04_021422	`PF21008.4`	AIF-1	87	146	1.4e-06	29.3
LXL04_021422	`PF13405.13`	EF-hand_6	88	116	2.6e-24	83.3
LXL04_021422	`PF00036.39`	EF-hand_1	89	116	2.6e-25	86.8
LXL04_021422	`PF13202.13`	EF-hand_5	91	110	5.4e-22	76.9
LXL04_021422	`PF13833.13`	EF-hand_8	113	147	3.5e-12	46.6
LXL04_021422	`PF00036.39`	EF-hand_1	124	149	2.6e-25	86.8
LXL04_021422	`PF13202.13`	EF-hand_5	125	148	5.4e-22	76.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LI84`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML16	57.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FZ75`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML15	53.642%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQN4`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML17	42.282%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6L5F4`	水稻	Probable calcium-binding protein CML14	52.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ZD81`	水稻	Probable calcium-binding protein CML12	50.314%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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