LXL04_020624 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020624

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 96812994-96814640 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1023 bp · LXL04_020624|LXL04_020624|OH1004|cDNA

ATGTACGGTTCCGATGGCGTAACAGAAGATTCAGAACGAACCGCCTTTCGGAAAACCGAGAAAAAGTACAAGCTATATTATGATAACACCAAATCTTCCAAAAAGAAGAAGCAACCGAGGCCTGTAGATTTATCGGAGGTTATTGATTTCAAGTCAATTTCAGAGTCCCTTACCAGAAACGGCGATCTACCTATTGGAGTTTCGAAGCTTGAATGTGACTTCGATAGGCCAGTTTTCTGCTTGGATAACTGCCCTGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · LXL04_020624|LXL04_020624|OH1004|CDS

ATGTACGGTTCCGATGGCGTAACAGAAGATTCAGAACGAACCGCCTTTCGGAAAACCGAGAAAAAGTACAAGCTATATTATGATAACACCAAATCTTCCAAAAAGAAGAAGCAACCGAGGCCTGTAGATTTATCGGAGGTTATTGATTTCAAGTCAATTTCAGAGTCCCTTACCAGAAACGGCGATCTACCTATTGGAGTTTCGAAGCTTGAATGTGACTTCGATAGGCCAGTTTTCTGCTTGGATAACTGCCCTGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · LXL04_020624|LXL04_020624|OH1004|PROTEIN

MYGSDGVTEDSERTAFRKTEKKYKLYYDNTKSSKKKKQPRPVDLSEVIDFKSISESLTRNGDLPIGVSKLECDFDRPVFCLDNCPGFYFIPEALTIEEQYRWIKESLTSFPQPPNRTNHNALYGAIPDLFNAAKDRKLLVEDQNDVHGYIWACEETANTCKSIPASLLLRKLRWSTLGLQFDWSKRSYNVSLPHNEIPDALCQVAKKMAALAMPIGQEFQPEAAIVNYFASGDMLGGHLDDMEVDWSKPIVSMSLGCKAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020624`
TK1151 ID	TkAUNG095520
OH-1004 ID	LXL04_020624
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020624

位置 Chr04:96812994-96814640 (+)

描述 Similar to At1g11780: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11780`	可能催化 DNA 中 N6-甲基腺嘌呤（6mA）的去甲基化，参与基因表达及种子萌发调控。	Identification of AtALKBH1A and AtALKBH1D as DNA N 6 -adenine demethylases in Arabidopsis thaliana.2024 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2024.112055

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002101 tRNA wobble cytosine modification 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程

GO:0006448 regulation of translational elongation 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035513 oxidative RNA demethylation 生物过程

GO:0042245 RNA repair 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11780

ddi:DDB_G0285575

hsa:8846

mmu:211064

spo:2539935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.621

排名 1 · LXL04_020624 · OH-1004

细胞质0.364

排名 2 · LXL04_020624 · OH-1004

线粒体0.077

排名 3 · LXL04_020624 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 4 · LXL04_020624 · OH-1004

内质网0.035

排名 5 · LXL04_020624 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13532.132OG-FeII_Oxy_288-337 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020624	`PF13532.13`	2OG-FeII_Oxy_2	88	337	1.2e-40	140.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SA98`	拟南芥	DNA N(6)-methyladenine demethylase ALKBH1A	65.517%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情