LXL04_020198 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020198

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 55473606-55476284 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2679 bp · LXL04_020198|LXL04_020198|OH1004|cDNA

ATGTCCGGTGGCAGTGGCagcggcggtggcggtggcgtTAGTGGTGGTGGTCCATCACTCATGGACTCTCTCTTCCAACGCACCCTCGACGACCTAATCAAAGGCATCCGTCTCCATACTCCCGGCGCCGCCCAATCCACCTTCATCTCAAAATCGCTCGACGAGATCCGCCGCGAAATCAAATCCACGGACTTACAAACCAAATCTACTGCCCTCCAGAAACTCACTTACCTCCACTCCCTCCACGGCATCGACATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2679 bp · LXL04_020198|LXL04_020198|OH1004|CDS

ATGTCCGGTGGCAGTGGCAGCGGCGGTGGCGGTGGCGTTAGTGGTGGTGGTCCATCACTCATGGACTCTCTCTTCCAACGCACCCTCGACGACCTAATCAAAGGCATCCGTCTCCATACTCCCGGCGCCGCCCAATCCACCTTCATCTCAAAATCGCTCGACGAGATCCGCCGCGAAATCAAATCCACGGACTTACAAACCAAATCTACTGCCCTCCAGAAACTCACTTACCTCCACTCCCTCCACGGCATCGACATGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

892 aa · LXL04_020198|LXL04_020198|OH1004|PROTEIN

MSGGSGSGGGGGVSGGGPSLMDSLFQRTLDDLIKGIRLHTPGAAQSTFISKSLDEIRREIKSTDLQTKSTALQKLTYLHSLHGIDMSWAAFHAVELTSSPSFAHKKTGYLAASLSFRPSTEVLLLLTNQLRKDLSSTNQHEVSLALECLAVICTPDFARDLTPDIFTLLASSKSFIRKKSIACLLMIFTQYPDAVRVCFKRLVENLESTDNAQTLAATVGVFCELASKEPRSYLPLAPEFYRILVDSRNNWVLIKVLKIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020198`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020198

位置 Chr04:55473606-55476284 (-)

描述 Similar to DELTA-ADR: AP-3 complex subunit delta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48760`	AP-3 复合体的一部分，是一种与接头相关的复合体，似乎与网格蛋白相关。	The AP-3 adaptor complex is required for vacuolar function in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.99

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020198 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0006903 vesicle targeting 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019882 antigen processing and presentation 生物过程

GO:0032438 melanosome organization 生物过程

GO:0035646 endosome to melanosome transport 生物过程

GO:0035654 clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated 生物过程

GO:0048007 antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48760

bta:281023

ddi:DDB_G0279537

hsa:8943

mmu:11776

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · LXL04_020198 · OH-1004

高尔基体0.287

排名 2 · LXL04_020198 · OH-1004

细胞核0.197

排名 3 · LXL04_020198 · OH-1004

溶酶体／液泡0.121

排名 4 · LXL04_020198 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 5 · LXL04_020198 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602.27Adaptin_N47-619 aa

PF12717.14Cnd1143-298 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020198	`PF01602.27`	Adaptin_N	47	619	3.4e-85	287.3
LXL04_020198	`PF12717.14`	Cnd1	143	298	3.6e-07	31.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C744`	拟南芥	AP-3 complex subunit delta	53.693%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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