LXL04_020183 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020183

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 54938011-54948170 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2586 bp · LXL04_020183|LXL04_020183|OH1004|cDNA

ATGGTTCGAGTTACCCCAACTGCCGTTCCTACAGATGCGGGAACATCAATATCAGCTATCCATTTTGGAGGATCGGCAGTGAAACCACCACCCAGCTCTGCGGTTATCCTGGTTTTGGAATCAACTGTTCCTACAACGAGTATCGTCCTCATAGACGATGACGTTTCCAACGCCGTCTCAATCATGGATTGCCCGAGGGTGCGCCATAACATTACCATCGGAACTTTGCCTTTCGTTTTCGTGAATCAGAACGTTAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2586 bp · LXL04_020183|LXL04_020183|OH1004|CDS

ATGGTTCGAGTTACCCCAACTGCCGTTCCTACAGATGCGGGAACATCAATATCAGCTATCCATTTTGGAGGATCGGCAGTGAAACCACCACCCAGCTCTGCGGTTATCCTGGTTTTGGAATCAACTGTTCCTACAACGAGTATCGTCCTCATAGACGATGACGTTTCCAACGCCGTCTCAATCATGGATTGCCCGAGGGTGCGCCATAACATTACCATCGGAACTTTGCCTTTCGTTTTCGTGAATCAGAACGTTAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

861 aa · LXL04_020183|LXL04_020183|OH1004|PROTEIN

MVRVTPTAVPTDAGTSISAIHFGGSAVKPPPSSAVILVLESTVPTTSIVLIDDDVSNAVSIMDCPRVRHNITIGTLPFVFVNQNVNLSFHFNCTGVPDFASEIPCLSSPTNKSCVNRVDSEPQNFNWEEFSCDEEVVTMAFDVFGSESRLGTEFIGALRAGFELSWWKTEDCEKCEQSRGMCGYNKNTTEFMCFCSDGTATLEHCNDIQRFRDCSTKFYTCGEATTYISYPFWGNERPSYCGLQGFRLTCREDNITTVQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020183`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020183

位置 Chr04:54938011-54948170 (+)

描述 Similar to LRK10L-2.8: LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67000`	叶锈病10号抗病位点受体样蛋白激酶样2.8。	暂无已核实直接文献
`At1g66930`	叶锈病10抗病位点受体样蛋白激酶样 2.7。	暂无已核实直接文献
`At5g38260`	LEAF RUST 10疾病抗性基因座受体样蛋白激酶样2.1。	暂无已核实直接文献
`At5g38250`	叶锈病10抗病位点类似受体样蛋白激酶2.3。	暂无已核实直接文献
`At5g38240`	叶锈病10抗病位点类似受体样蛋白激酶2.2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020183 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66930

ath:AT1G67000

ath:AT5G38260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.841

排名 1 · LXL04_020183 · OH-1004

细胞质0.102

排名 2 · LXL04_020183 · OH-1004

细胞核0.078

排名 3 · LXL04_020183 · OH-1004

内质网0.073

排名 4 · LXL04_020183 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_020183 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14380.12WAK_assoc118-198 aa

PF13947.12GUB_WAK_bind214-279 aa

PF14380.12WAK_assoc358-433 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr524-797 aa

PF00069.32Pkinase526-795 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020183	`PF14380.12`	WAK_assoc	118	198	2.4e-29	102.7
LXL04_020183	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	214	279	4e-14	53.4
LXL04_020183	`PF14380.12`	WAK_assoc	358	433	2.4e-29	102.7
LXL04_020183	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	524	797	1.7e-45	156.1
LXL04_020183	`PF00069.32`	Pkinase	526	795	5.8e-46	157.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3ECH2`	拟南芥	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.8	38.573%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HQ23`	拟南芥	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7	38.350%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FF31`	拟南芥	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.1	39.225%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KA51`	拟南芥	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.3	39.938%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KA50`	拟南芥	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.2	39.342%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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