LXL04_020102 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020102

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 51701414-51705737 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2784 bp · LXL04_020102|LXL04_020102|OH1004|cDNA

ATGTTTAAAGTTGAAGGCGAAGATAATTCTGAAGATGTCGATGAATGGCGAAGGTCTGAAGAAACTAAGGTGGTGTTTGTTTTTAGGTTAGAAGTGCTTCTAGCCACTTCTGTCTGCGCCACGCAGATGGCGTGCAGACGTAGAGGTGTCGCAGATCGCGCAGATAATGAAACGTCTGCGCGCCCTCTTCTTGGTGCAGATCCGGACCCAATATCTTCAAACCTCTTCTCACTTCCTAAACCTAGAAAATGCTGGCCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2784 bp · LXL04_020102|LXL04_020102|OH1004|CDS

ATGTTTAAAGTTGAAGGCGAAGATAATTCTGAAGATGTCGATGAATGGCGAAGGTCTGAAGAAACTAAGGTGGTGTTTGTTTTTAGGTTAGAAGTGCTTCTAGCCACTTCTGTCTGCGCCACGCAGATGGCGTGCAGACGTAGAGGTGTCGCAGATCGCGCAGATAATGAAACGTCTGCGCGCCCTCTTCTTGGTGCAGATCCGGACCCAATATCTTCAAACCTCTTCTCACTTCCTAAACCTAGAAAATGCTGGCCGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

927 aa · LXL04_020102|LXL04_020102|OH1004|PROTEIN

MFKVEGEDNSEDVDEWRRSEETKVVFVFRLEVLLATSVCATQMACRRRGVADRADNETSARPLLGADPDPISSNLFSLPKPRKCWPQKMKLSPSRFSPIKRCSSPIFLHHRSLLIAGSSATLLAGLQPRYSPAYLVRFLPFKPPISAADFTRFLHLQSLEVYGSSIGFPGENRHYVWDPEIEAKLVPHSAFEFVDSCQNVNLQMLKKTNSLFAADCRQKQTSSLSTCSFSSYLAKNDGHKKQYLKMAVCFSTTTINDLPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020102`
TK1151 ID	TkA05G135930
OH-1004 ID	LXL04_020102
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.229 / OH-1004 45.415 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020102

位置 Chr04:51701414-51705737 (+)

描述 Similar to MAX2A: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42620`	SCF E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	ORE9, an F-box protein that regulates leaf senescence in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010061 MAX1 and MAX2 control shoot lateral branching in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.5.1131 MAX1 encodes a cytochrome P450 family member that acts downstream of MAX3/4 to produce a carotenoid-derived branch-inhibiting hormone.2005 · DOI: 10.1016/j.devcel.2005.01.009 MAX2 participates in an SCF complex which acts locally at the node to suppress shoot branching.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03032.x Specialisation within the DWARF14 protein family confers distinct responses to karrikins and strigolactones in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1242/dev.074567 Mitogen-activated protein kinase 6 mediates nuclear translocation of ORE3 to promote ORE9 gene expression in methyl jasmonate-induced leaf senescence.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erv438

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0154200`	参与独脚金内酯（SL）信号转导。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020102 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0061137 bud dilation 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42620

dosa:Os06g0154200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.769

排名 1 · LXL04_020102 · OH-1004

细胞质0.210

排名 2 · LXL04_020102 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 3 · LXL04_020102 · OH-1004

内质网0.054

排名 4 · LXL04_020102 · OH-1004

质体0.029

排名 5 · LXL04_020102 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511.7F-box_5258-295 aa

PF25372.2LRR_FBXL15565-663 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020102	`PF18511.7`	F-box_5	258	295	9.8e-08	32.1
LXL04_020102	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	565	663	1.7e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIM9`	拟南芥	F-box protein MAX2	59.626%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VMP0`	水稻	F-box/LRR-repeat MAX2 homolog	46.133%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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