LXL04_019998 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019998

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 46705116-46709615 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2200 bp · LXL04_019998|LXL04_019998|OH1004|cDNA

GAAAACCGATTCGGACACAGAGCATCGCCTAACTGCGAAACCAAAATGGTCGGACCTCTGGTTCGTGCTCTCTGGTCCACCACCAGAAAATCCATCTCCACCTCCTCCTCCCCGTCTTCCTATCTCAAACCATTCATACATGCTCGCGCCGCGGGCATTTCACGCTCCTTCTCCGTGGCCACAGCGACAGCTGCTGCCAACGCGACTGCTCCTGGCGGCGCACTGGATCCGAACCGGCTCCGCAACGTAGCGGTGATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2022 bp · LXL04_019998|LXL04_019998|OH1004|CDS

ATGGTCGGACCTCTGGTTCGTGCTCTCTGGTCCACCACCAGAAAATCCATCTCCACCTCCTCCTCCCCGTCTTCCTATCTCAAACCATTCATACATGCTCGCGCCGCGGGCATTTCACGCTCCTTCTCCGTGGCCACAGCGACAGCTGCTGCCAACGCGACTGCTCCTGGCGGCGCACTGGATCCGAACCGGCTCCGCAACGTAGCGGTGATTGCCCATGTCGATCATGGCAAGACCACTCTTATGGATCGTCTACTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

673 aa · LXL04_019998|LXL04_019998|OH1004|PROTEIN

MVGPLVRALWSTTRKSISTSSSPSSYLKPFIHARAAGISRSFSVATATAAANATAPGGALDPNRLRNVAVIAHVDHGKTTLMDRLLRQCGADIPHERALDSNQLEKERGITIASKITSIPWKENELNMVDTPGHADFGGEVERVVGMVEGAILVVDAGEGPLAQTKFVLAKALRYGLRPILLLNKVDRPSVSEERCDEVESLVFDLFANLGASEEQLDFPVLYASAKEGWASLTYTKNPPDDAKNMSQLLDAIVKYVPPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019998`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_019998`
位置	Chr04:46705116-46709615 (-)
描述	Similar to bipA: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA (Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019998` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能 GO:0003924 GTPase activity 分子功能 GO:0005525 GTP binding 分子功能 GO:0019843 rRNA binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ecc:c4820 ecj:JW5571 eco:b3871 ecoc:C3026_20930 heo:C694_02460 hpj:jhp_0432 hpy:HP_0480 sfl:SF3941 sfx:S3805 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.713

排名 1 · LXL04_019998 · OH-1004

质体0.287

排名 2 · LXL04_019998 · OH-1004

细胞质0.042

排名 3 · LXL04_019998 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_019998 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_019998 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009.34GTP_EFTU64-259 aa

PF03144.32GTP_EFTU_D2282-355 aa

PF00679.31EFG_C462-545 aa

PF21018.3BipA_C552-660 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019998	`PF00009.34`	GTP_EFTU	64	259	2.6e-53	181.1
LXL04_019998	`PF03144.32`	GTP_EFTU_D2	282	355	7.1e-08	33.5
LXL04_019998	`PF00679.31`	EFG_C	462	545	9.1e-20	71.2
LXL04_019998	`PF21018.3`	BipA_C	552	660	1.7e-44	150.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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