LXL04_019996 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019996

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 46673623-46686225 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7335 bp · LXL04_019996|LXL04_019996|OH1004|cDNA

ATGGCAGCAACACCCCAAAATGTGGAGATGGAAGCAGCAAAATTCCTGCATAAGCTTATTCAGGAATCCACTGACGAGCCCACTAAGTTGGCTACCAAACTACATGTGATTTTGCAGCATATGAGATCCAGTGGAAAGGAGAATTCAATGCCTTACCAAGTTATATCAAGGGCTATGGAGACGGTTATAAATCGCCATGGTCTTGACATTGAGGCTTTAATGTCACAAAGGCAACCGTTGACGAGTGGAAGTCAACCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

7335 bp · LXL04_019996|LXL04_019996|OH1004|CDS

ATGGCAGCAACACCCCAAAATGTGGAGATGGAAGCAGCAAAATTCCTGCATAAGCTTATTCAGGAATCCACTGACGAGCCCACTAAGTTGGCTACCAAACTACATGTGATTTTGCAGCATATGAGATCCAGTGGAAAGGAGAATTCAATGCCTTACCAAGTTATATCAAGGGCTATGGAGACGGTTATAAATCGCCATGGTCTTGACATTGAGGCTTTAATGTCACAAAGGCAACCGTTGACGAGTGGAAGTCAACCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2444 aa · LXL04_019996|LXL04_019996|OH1004|PROTEIN

MAATPQNVEMEAAKFLHKLIQESTDEPTKLATKLHVILQHMRSSGKENSMPYQVISRAMETVINRHGLDIEALMSQRQPLTSGSQPGDSSLSQIAAGTSQQSAMENDSKKPLSTEDAMKIATFSSKPLHGPSTAALDMYQGSANQLNPMKSHGSNAGIPGSYESTEAMQQFNNSYDNQTAAMSMHKTLPIPGKALDHEGGFSNVMANASKTLQQGGISNNVADMGMLRNEASRDTGKLPVVQASPAGPSMPFKEHHLKQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019996`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019996

位置 Chr04:46673623-46686225 (+)

描述 Similar to SYD: Chromatin structure-remodeling complex protein SYD

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28290`	染色质结构重塑复合体（RSC）的催化组分，参与转录调控和核小体定位。	暂无已核实直接文献
`At3g06010`	可能的染色质重塑因子，在根和茎干细胞起始、根尖分生组织和茎尖分生组织维持中与 CHR23 功能冗余。	The SWI/SNF chromatin-remodeling gene AtCHR12 mediates temporary growth arrest in Arabidopsis thaliana upon perceiving environmental stress.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03185.x Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009 Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0144300`	可能的染色质重塑因子，参与根及茎端干细胞的建立，以及根尖分生组织（RAM）和茎尖分生组织（SAM）的维持。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019996 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28290

ath:AT3G06010

dosa:Os05g0144300

osa:4337784

spo:2538881

spo:2542638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910

排名 1 · LXL04_019996 · OH-1004

细胞质0.146

排名 2 · LXL04_019996 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_019996 · OH-1004

线粒体0.022

排名 4 · LXL04_019996 · OH-1004

内质网0.018

排名 5 · LXL04_019996 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII762-924 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom766-1057 aa

PF00271.38Helicase_C1083-1173 aa

PF14619.12SnAC1290-1376 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019996	`PF04851.22`	ResIII	762	924	4.2e-14	53.5
LXL04_019996	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	766	1057	1.2e-91	307.5
LXL04_019996	`PF00271.38`	Helicase_C	1083	1173	1.6e-11	45.1
LXL04_019996	`PF14619.12`	SnAC	1290	1376	1.5e-12	48.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IHS2`	拟南芥	Chromatin structure-remodeling complex protein SYD	57.293%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4J9M5`	拟南芥	Probable ATP-dependent DNA helicase CHR12	44.582%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q60EX7`	水稻	Probable ATP-dependent DNA helicase CHR719	42.590%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情