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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_019992
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 46621485-46623524 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2040 bp · LXL04_019992|LXL04_019992|OH1004|cDNA

ATGATCATCACTGGGTTCATAAAAGACACATATGCAGCTAGCAGAATCCTCAACTTCTCTACTGGTCAATCCTCATCTAATTATCTTCATTACTCTCGTAAAATCTTTGATTGCATCGAGAACCCAAATGGGTTTATTTATAACACCATGATGCGTGCTTACTTGCAGACAAATTATCCAAAAGAGACCATCTTTCTTTACGGTTTAATGTTAAATAACAAGAACAATGTTTATCCGGATAGCTACACTTACCCTCTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2040 bp · LXL04_019992|LXL04_019992|OH1004|CDS

ATGATCATCACTGGGTTCATAAAAGACACATATGCAGCTAGCAGAATCCTCAACTTCTCTACTGGTCAATCCTCATCTAATTATCTTCATTACTCTCGTAAAATCTTTGATTGCATCGAGAACCCAAATGGGTTTATTTATAACACCATGATGCGTGCTTACTTGCAGACAAATTATCCAAAAGAGACCATCTTTCTTTACGGTTTAATGTTAAATAACAAGAACAATGTTTATCCGGATAGCTACACTTACCCTCTACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

679 aa · LXL04_019992|LXL04_019992|OH1004|PROTEIN

MIITGFIKDTYAASRILNFSTGQSSSNYLHYSRKIFDCIENPNGFIYNTMMRAYLQTNYPKETIFLYGLMLNNKNNVYPDSYTYPLLIQACIARCSNLEGKEIHNHVVKIGFDTDVYVRNTLINMYGVCGDMTDARKVFDESPVRDSVTWNSILAVYVQTGNVEEAKLIYDQMPEKNIIASNSMIVLFGRCARVPEAYQLFINMKEKDLVSWTALISCYEQNGMHQKALIMFIKMNRIGIKTDEVAVISVLSVCAHLSVM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_019992
TK1151 IDTkA05G110700
OH-1004 IDLXL04_019992
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.580 / OH-1004 92.047
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_019992
位置Chr04:46621485-46623524 (+)
描述Similar to PCMP-H12: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019992 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G13600
ath:AT3G22690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.591
排名 1 · LXL04_019992 · OH-1004
质体0.233
排名 2 · LXL04_019992 · OH-1004
细胞核0.053
排名 3 · LXL04_019992 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_019992 · OH-1004
过氧化物酶体0.006
排名 5 · LXL04_019992 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_242-91 aa
PF13041.13PPR_2146-178 aa
PF01535.27PPR148-178 aa
PF13041.13PPR_2208-255 aa
PF01535.27PPR210-240 aa
PF13041.13PPR_2309-340 aa
PF12854.14PPR_1309-336 aa
PF01535.27PPR311-340 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_019992PF13041.13PPR_242914e-69229.2
LXL04_019992PF13041.13PPR_21461784e-69229.2
LXL04_019992PF01535.27PPR1481783.6e-74240.7
LXL04_019992PF13041.13PPR_22082554e-69229.2
LXL04_019992PF01535.27PPR2102403.6e-74240.7
LXL04_019992PF13041.13PPR_23093404e-69229.2
LXL04_019992PF12854.14PPR_13093366.5e-42141.7
LXL04_019992PF01535.27PPR3113403.6e-74240.7
LXL04_019992PF01535.27PPR3423713.6e-74240.7
LXL04_019992PF13041.13PPR_24424884e-69229.2
LXL04_019992PF01535.27PPR4454743.6e-74240.7
LXL04_019992PF12854.14PPR_15105406.5e-42141.7
LXL04_019992PF20431.5E_motif5636214.7e-1453.1
LXL04_019992PF20430.4Eplus_motif6266471.8e-0628.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LUJ2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269033.100%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LN01拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic36.350%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360034.769%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic35.200%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FND7拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040540.292%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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