LXL04_019883 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019883

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 43090399-43098665 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3198 bp · LXL04_019883|LXL04_019883|OH1004|cDNA

TACTACTATTTTTGTCAAATTTAAACAAATCCCAAAAACCAAATCTGACCATCGGAAAACATACTTCACTTAAGCCGCCCCACTATCATGACAGATTCTCTGAATGTAGCCGTTATCGGAGCCGGCACATCCGGATTACTCACCGCCCGGGAGCTTATCCGTGAACACCACCGAGTCACCGTCTTCGAAAAATCAAACAAACTCGGCGGAACCTGGCTTTACGAACCGCGAGTCGAGTCCGACGACGATGTTCTTCATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3111 bp · LXL04_019883|LXL04_019883|OH1004|CDS

ATGACAGATTCTCTGAATGTAGCCGTTATCGGAGCCGGCACATCCGGATTACTCACCGCCCGGGAGCTTATCCGTGAACACCACCGAGTCACCGTCTTCGAAAAATCAAACAAACTCGGCGGAACCTGGCTTTACGAACCGCGAGTCGAGTCCGACGACGATGTTCTTCATCTCGACCCCAACAGATCCGTTGTCCACAGCAGTCTCTACTCATCTCTCAGAACAAATCTTCCTCGGCCACTCATGGGTTTCTCCGATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1036 aa · LXL04_019883|LXL04_019883|OH1004|PROTEIN

MTDSLNVAVIGAGTSGLLTARELIREHHRVTVFEKSNKLGGTWLYEPRVESDDDVLHLDPNRSVVHSSLYSSLRTNLPRPLMGFSDYSLDDKSYGDPRTFPGHEEVLKLLQDFANEFRVTEVIRFNSEVVRVDSSDGGFVVEWKTMEVGSTEEVFDAVVVCNGHHTEPQVADDVPGIEEWSRKQVHSHNYRIPEPYRDQVVVVIGNGPSALDISQEIATVAKEVHLSSRSTNVKVTMLDGYKNMWQHSKINRVYDDGRVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019883`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019883

位置 Chr04:43090399-43098665 (-)

描述 Similar to PLT4: Probable polyol transporter 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20780`	质膜糖／质子同向转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g18830`	质膜广谱糖质子同向转运蛋白。	Analysis of transport activity of Arabidopsis sugar alcohol permease homolog AtPLT5.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m410831200 Arabidopsis POLYOL TRANSPORTER5, a new member of the monosaccharide transporter-like superfamily, mediates H+-Symport of numerous substrates, including myo-inositol, glycerol, and ribose.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026641
`At2g16120`	质膜糖／质子同向转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g16130`	质膜糖／质子同向转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g62560`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019883 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0004499 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity 分子功能

GO:0005351 carbohydrate:proton symporter activity 分子功能

GO:0005354 galactose transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0005365 myo-inositol transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015145 monosaccharide transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62560

ath:AT2G16120

ath:AT2G16130

ath:AT2G20780

ath:AT3G18830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.277

排名 1 · LXL04_019883 · OH-1004

溶酶体／液泡0.268

排名 2 · LXL04_019883 · OH-1004

内质网0.225

排名 3 · LXL04_019883 · OH-1004

高尔基体0.160

排名 4 · LXL04_019883 · OH-1004

细胞质0.147

排名 5 · LXL04_019883 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00743.26FMO-like6-232 aa

PF07992.21Pyr_redox_26-279 aa

PF03486.21HI0933_like6-169 aa

PF01266.31DAO7-42 aa

PF13454.13NAD_binding_98-164 aa

PF13450.13NAD_binding_89-46 aa

PF13738.13Pyr_redox_3100-296 aa

PF00743.26FMO-like256-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019883	`PF00743.26`	FMO-like	6	232	4.9e-58	197.6
LXL04_019883	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	6	279	2.3e-14	54.2
LXL04_019883	`PF03486.21`	HI0933_like	6	169	2.8e-06	27.7
LXL04_019883	`PF01266.31`	DAO	7	42	2.3e-12	47.8
LXL04_019883	`PF13454.13`	NAD_binding_9	8	164	7.5e-08	33.2
LXL04_019883	`PF13450.13`	NAD_binding_8	9	46	8.8e-08	33.0
LXL04_019883	`PF13738.13`	Pyr_redox_3	100	296	8.1e-17	62.1
LXL04_019883	`PF00743.26`	FMO-like	256	387	4.9e-58	197.6
LXL04_019883	`PF00083.31`	Sugar_tr	567	1006	4.8e-106	356.0
LXL04_019883	`PF07690.22`	MFS_1	572	954	4.2e-32	112.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WUU6`	拟南芥	Probable polyol transporter 4	65.465%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VZ80`	拟南芥	Polyol transporter 5	46.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XIH7`	拟南芥	Putative polyol transporter 1	45.691%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XIH6`	拟南芥	Putative polyol transporter 2	44.800%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXE1`	拟南芥	Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX3	50.577%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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