LXL04_019546 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019546

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 33614555-33617259 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2142 bp · LXL04_019546|LXL04_019546|OH1004|cDNA

ATGCGGACTGTAAGGGCATGTGGATACGTTCCAATTGGTGGCCATCTTCTTCATCAAGCCTCCTATAACTATCACGGTACGTCATCATCACTCTCAACGCCACTCTTTCGCCTCGCCGTCACCGGTAGCTTCGACCGAAATCAGTACCATGCTTTATGTTCCCACCCCCGTCCTCTATCTATGTACTGGGTCGTTACAGCTGACAAACGTCAAAGCAGACAATTGGCTCGCGCTTCCAAGGATGATCAATTGGAGCGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2142 bp · LXL04_019546|LXL04_019546|OH1004|CDS

ATGCGGACTGTAAGGGCATGTGGATACGTTCCAATTGGTGGCCATCTTCTTCATCAAGCCTCCTATAACTATCACGGTACGTCATCATCACTCTCAACGCCACTCTTTCGCCTCGCCGTCACCGGTAGCTTCGACCGAAATCAGTACCATGCTTTATGTTCCCACCCCCGTCCTCTATCTATGTACTGGGTCGTTACAGCTGACAAACGTCAAAGCAGACAATTGGCTCGCGCTTCCAAGGATGATCAATTGGAGCGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

713 aa · LXL04_019546|LXL04_019546|OH1004|PROTEIN

MRTVRACGYVPIGGHLLHQASYNYHGTSSSLSTPLFRLAVTGSFDRNQYHALCSHPRPLSMYWVVTADKRQSRQLARASKDDQLERGPKDLGNYEEDALLGGNSGIISACFVGLLTGLCVVLFNNAVHEIRDIGWDGIPSRGASWLRELPHENTWMRIILIPTCGGLIVSLLNIFQTALDEGNSGDNLKAVMKPILKAVAAAVTLGTGNSLGPEGPSVEIGASVAKGVGSLFDKNSQRKLSLKAAGSAAGISSGFNAAVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019546`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019546

位置 Chr04:33614555-33617259 (+)

描述 Similar to CLC-E: Chloride channel protein CLC-e

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35440`	电压门控类囊体氯 (Cl) 通道/转运蛋白，参与从光照到黑暗过渡后的氯稳态调控。	暂无已核实直接文献
`At1g55620`	电压门控氯通道。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010447 response to acidic pH 生物过程

GO:0042548 regulation of photosynthesis, light reaction 生物过程

GO:1902476 chloride transmembrane transport 生物过程

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0034707 chloride channel complex 细胞组分

GO:0005247 voltage-gated chloride channel activity 分子功能

GO:0005254 chloride channel activity 分子功能

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55620

ath:AT4G35440

rso:RSp0020

sec:SCH_0203

sei:SPC_0219

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.977

排名 1 · LXL04_019546 · OH-1004

线粒体0.028

排名 2 · LXL04_019546 · OH-1004

细胞质0.021

排名 3 · LXL04_019546 · OH-1004

细胞核0.019

排名 4 · LXL04_019546 · OH-1004

过氧化物酶体0.018

排名 5 · LXL04_019546 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00654.26Voltage_CLC192-521 aa

PF00571.34CBS563-615 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019546	`PF00654.26`	Voltage_CLC	192	521	1.2e-73	249.0
LXL04_019546	`PF00571.34`	CBS	563	615	1.8e-12	48.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GX93`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-e	61.844%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RXR2`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-f	41.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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