LXL04_019125 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019125

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 24122324-24126745 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3042 bp · LXL04_019125|LXL04_019125|OH1004|cDNA

ATGAAGCCAAATCGCAAGCTCAAGAAACCCCCAACTTCTTGTTCTAAGTTCGATTTGGAAGAGATTATCGGGTTGACGGTGAGGAACGACAACGGATTGGCTTCTAGCACTTCCGATTCCAAGTTTGTATATATAGCAGGATGTGTTGTAGTGCTTTACGACGTCGATTCAGGAACTCAATCGCACCTTATGGAGTCTAATCGTTCGCCCAAGCCTTTCAGCTGTGTTGCCGTCTCTCAAGATGGAAGCTATATTGCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3042 bp · LXL04_019125|LXL04_019125|OH1004|CDS

ATGAAGCCAAATCGCAAGCTCAAGAAACCCCCAACTTCTTGTTCTAAGTTCGATTTGGAAGAGATTATCGGGTTGACGGTGAGGAACGACAACGGATTGGCTTCTAGCACTTCCGATTCCAAGTTTGTATATATAGCAGGATGTGTTGTAGTGCTTTACGACGTCGATTCAGGAACTCAATCGCACCTTATGGAGTCTAATCGTTCGCCCAAGCCTTTCAGCTGTGTTGCCGTCTCTCAAGATGGAAGCTATATTGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1013 aa · LXL04_019125|LXL04_019125|OH1004|PROTEIN

MKPNRKLKKPPTSCSKFDLEEIIGLTVRNDNGLASSTSDSKFVYIAGCVVVLYDVDSGTQSHLMESNRSPKPFSCVAVSQDGSYIAAGESGQQPSIIVWSSATMASIPELKGHRYGVACMAFSPDGKHLVSVGTPQDGYLCFWDWRSGTLVKKMKACSSFCAVSSVTFSADANFILTAGKRHLKIWTVGLPTKSQAKTKTKTKTISLTMHGKAVNLGQLKGCTFVAVTSPFKTNGNVADGKGSEPVIVYALTDSGVLCLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019125`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_019125`
位置	Chr04:24122324-24126745 (+)
描述	Similar to Mapkbp1: Mitogen-activated protein kinase-binding protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019125` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程 GO:0007099 centriole replication 生物过程 GO:0032717 negative regulation of interleukin-8 production 生物过程 GO:0043124 negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程 GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程 GO:0046605 regulation of centrosome cycle 生物过程 GO:0097150 neuronal stem cell population maintenance 生物过程 GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程 GO:0000922 spindle pole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:23005 hsa:284403 mmu:26390 ssc:100144885 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.758

排名 1 · LXL04_019125 · OH-1004

细胞质0.227

排名 2 · LXL04_019125 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 3 · LXL04_019125 · OH-1004

内质网0.032

排名 4 · LXL04_019125 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_019125 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24780.2WD40_MABP1-WDR62_1st32-365 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_232-206 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st36-133 aa

PF30552.1CFAP251_N37-187 aa

PF24814.2WD40_Prp1947-204 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR548-188 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st49-210 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC349-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019125	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	32	365	1.8e-63	215.5
LXL04_019125	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	32	206	1.7e-33	116.8
LXL04_019125	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	36	133	1.3e-39	136.9
LXL04_019125	`PF30552.1`	CFAP251_N	37	187	8.6e-22	78.5
LXL04_019125	`PF24814.2`	WD40_Prp19	47	204	3e-37	128.9
LXL04_019125	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	48	188	2e-39	136.4
LXL04_019125	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	49	210	2.4e-49	168.2
LXL04_019125	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	49	209	2.1e-38	132.6
LXL04_019125	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	49	163	6.9e-32	111.5
LXL04_019125	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	50	189	1.3e-27	97.6
LXL04_019125	`PF24796.2`	WDR55	50	190	1.2e-21	77.8
LXL04_019125	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	51	186	9.3e-20	71.9
LXL04_019125	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	67	208	9.2e-09	35.6
LXL04_019125	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	68	186	3e-20	73.5
LXL04_019125	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	74	199	1.1e-28	101.3
LXL04_019125	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	75	208	3.7e-25	89.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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