LXL04_019027 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019027

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22333094-22337180 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2682 bp · LXL04_019027|LXL04_019027|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAGTGACATTGAAGAAGAACTACCGTTGTGTTCAGTCACTGCAACAATTCTACTCAGGCGGACCCTACACAGTCTCTTCTGATGGATCATTCATAGCCTGTGCATGCAATGACACCATCACCATAGTCGATTCCTCCAATGCTTCCATTAAGTCCACCATTGAAGGTGATTCAGAGTCTGTCACAGCTCTTACTCTTAGCCCTGATGACAAGTTCCTCTTTTCCGCCGGTCACAGTCGCCAAATTAGGGTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2682 bp · LXL04_019027|LXL04_019027|OH1004|CDS

ATGGCTTCAGTGACATTGAAGAAGAACTACCGTTGTGTTCAGTCACTGCAACAATTCTACTCAGGCGGACCCTACACAGTCTCTTCTGATGGATCATTCATAGCCTGTGCATGCAATGACACCATCACCATAGTCGATTCCTCCAATGCTTCCATTAAGTCCACCATTGAAGGTGATTCAGAGTCTGTCACAGCTCTTACTCTTAGCCCTGATGACAAGTTCCTCTTTTCCGCCGGTCACAGTCGCCAAATTAGGGTCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

893 aa · LXL04_019027|LXL04_019027|OH1004|PROTEIN

MASVTLKKNYRCVQSLQQFYSGGPYTVSSDGSFIACACNDTITIVDSSNASIKSTIEGDSESVTALTLSPDDKFLFSAGHSRQIRVWDLSSLKCLRSWKGHEGPVMGMTCHASGGLLATAGADGKVKVWDVDGGFCTHFFKGHKGVVTSVVFHPDPNNLLLFSSSDDTTVRIWDLTSKKCVANLERHRSTVTSIAITEDGWTLISGGRDQVVNLWDLHDYSCKMSVPTNEAIEGVCYVGSLSPFASCVQGKKVGDSSAFQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019027`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019027

位置 Chr04:22333094-22337180 (+)

描述 Similar to Tbl3: Transducin beta-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16750`	在胚胎发生过程中调节细胞分裂平面的重要蛋白，定义细胞模式，特别是前胚的纵向分裂平面，可能通过调节胚胎模式基因的表达模式实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019027 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030686 90S preribosome 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16750

bta:618429

hsa:10607

mmu:213773

rno:287120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.769

排名 1 · LXL04_019027 · OH-1004

细胞质0.235

排名 2 · LXL04_019027 · OH-1004

高尔基体0.031

排名 3 · LXL04_019027 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 4 · LXL04_019027 · OH-1004

线粒体0.028

排名 5 · LXL04_019027 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd7-91 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC312-155 aa

PF23410.5Beta-prop_VPS821-101 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_225-132 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st26-100 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR527-157 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st28-95 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz28-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019027	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	7	91	1.5e-74	251.6
LXL04_019027	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	12	155	9.7e-90	301.0
LXL04_019027	`PF23410.5`	Beta-prop_VPS8	21	101	2.4e-08	34.1
LXL04_019027	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	25	132	7.4e-45	154.1
LXL04_019027	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	26	100	7.2e-59	200.1
LXL04_019027	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	27	157	1.2e-98	330.8
LXL04_019027	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	28	95	2.5e-79	267.2
LXL04_019027	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	28	183	1.4e-59	202.6
LXL04_019027	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	28	93	8.6e-40	137.7
LXL04_019027	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	29	175	2.9e-43	148.9
LXL04_019027	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	29	89	2.1e-42	146.0
LXL04_019027	`PF24814.2`	WD40_Prp19	32	235	2.4e-92	309.7
LXL04_019027	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	33	217	1.7e-94	315.4
LXL04_019027	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	37	132	1.2e-31	110.9
LXL04_019027	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	47	274	1.7e-38	132.9
LXL04_019027	`PF24796.2`	WDR55	51	221	1.7e-38	133.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFE2`	拟南芥	Protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE	67.678%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情