LXL04_019026 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019026

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22325088-22327175 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2088 bp · LXL04_019026|LXL04_019026|OH1004|cDNA

ATGCACCCAAAGTACAAGCTTAAGGAAGCCGTTGATTCTCTTTACCGACACAATCATGTCAACCCTGAAGCCTACACTCGTCTTGTCCTCGATTGTGTTCGATTCAGCGACGCCCATCAAGCCAAACGCTTACAATCTCACATGGACGAAAATCTCTACGAACCCACCACCACTTTTATCCATAATCGTCTTCTCGACGTGTACGCCAAGTCTGGCAAGCTTTTGGACGCACAGAACCTGTTCGATAAATTGCCCCAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2088 bp · LXL04_019026|LXL04_019026|OH1004|CDS

ATGCACCCAAAGTACAAGCTTAAGGAAGCCGTTGATTCTCTTTACCGACACAATCATGTCAACCCTGAAGCCTACACTCGTCTTGTCCTCGATTGTGTTCGATTCAGCGACGCCCATCAAGCCAAACGCTTACAATCTCACATGGACGAAAATCTCTACGAACCCACCACCACTTTTATCCATAATCGTCTTCTCGACGTGTACGCCAAGTCTGGCAAGCTTTTGGACGCACAGAACCTGTTCGATAAATTGCCCCAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

695 aa · LXL04_019026|LXL04_019026|OH1004|PROTEIN

MHPKYKLKEAVDSLYRHNHVNPEAYTRLVLDCVRFSDAHQAKRLQSHMDENLYEPTTTFIHNRLLDVYAKSGKLLDAQNLFDKLPQRDVFTYNAMLKAYSTTGSLDDLQALFNDMPCRDFVSYNTVIAGLASSGRARHALKVFVKMQQEGFQATGHTFVSVLNACSRGLDLRHGKQVHGNIITCGSLSNPFICNALTDFYAKCGEINTARWLFNHMSNKNAVSWNSMISGCMKNGLPEECLELFHEMKLSNIKPDMVTVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019026`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019026

位置 Chr04:22325088-22327175 (-)

描述 Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献
`At1g68930`	推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。	暂无已核实直接文献
`At4g02750`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。	暂无已核实直接文献
`At1g20230`	含五重复肽的蛋白质 At1g20230。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68930

ath:AT2G27610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.656

排名 1 · LXL04_019026 · OH-1004

质体0.205

排名 2 · LXL04_019026 · OH-1004

细胞核0.049

排名 3 · LXL04_019026 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_019026 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_019026 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_287-118 aa

PF12854.14PPR_1118-147 aa

PF13041.13PPR_2119-166 aa

PF01535.27PPR121-151 aa

PF17177.11PPR_long162-278 aa

PF13041.13PPR_2219-268 aa

PF01535.27PPR222-251 aa

PF12854.14PPR_1251-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019026	`PF13041.13`	PPR_2	87	118	8.2e-73	241.1
LXL04_019026	`PF12854.14`	PPR_1	118	147	3.5e-41	139.3
LXL04_019026	`PF13041.13`	PPR_2	119	166	8.2e-73	241.1
LXL04_019026	`PF01535.27`	PPR	121	151	1e-73	239.3
LXL04_019026	`PF17177.11`	PPR_long	162	278	2.7e-14	53.8
LXL04_019026	`PF13041.13`	PPR_2	219	268	8.2e-73	241.1
LXL04_019026	`PF01535.27`	PPR	222	251	1e-73	239.3
LXL04_019026	`PF12854.14`	PPR_1	251	281	3.5e-41	139.3
LXL04_019026	`PF13041.13`	PPR_2	285	334	8.2e-73	241.1
LXL04_019026	`PF12854.14`	PPR_1	286	313	3.5e-41	139.3
LXL04_019026	`PF13812.13`	PPR_3	286	332	5.2e-30	104.0
LXL04_019026	`PF01535.27`	PPR	288	318	1e-73	239.3
LXL04_019026	`PF29070.1`	MSC6_N	360	483	4.2e-19	69.6
LXL04_019026	`PF13041.13`	PPR_2	387	434	8.2e-73	241.1
LXL04_019026	`PF01535.27`	PPR	389	418	1e-73	239.3
LXL04_019026	`PF20431.5`	E_motif	506	566	3e-17	63.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	37.520%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAA8`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g68930	33.468%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SY02`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750	35.414%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LNU6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230	35.047%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	37.481%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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