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基因概览

LXL04_018888

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19622917-19630403 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2844 bp · LXL04_018888|LXL04_018888|OH1004|cDNA

ATGGCGGCATCGTCGAGTTCTTCAGCTTTAGAGTCATCGTCGTCTACTTCGTCTTCGTCTTCGGATAATTTCAGGAATCTTCCTATCATGTCGCTCCGAAGCAAAATCGTCGAGAAGATAATGGAGAATCGCGTCACTCTGATCGTCGGTGAAACCGGCTGCGGGAAGAGCTCACAAGTTCCTCAGTTTTTACTCGAAGCAAACATTGAGCCAATAATATGTACACAACCAAGGAGGTTTGCTGTGGTGGCAGTTGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2844 bp · LXL04_018888|LXL04_018888|OH1004|CDS

ATGGCGGCATCGTCGAGTTCTTCAGCTTTAGAGTCATCGTCGTCTACTTCGTCTTCGTCTTCGGATAATTTCAGGAATCTTCCTATCATGTCGCTCCGAAGCAAAATCGTCGAGAAGATAATGGAGAATCGCGTCACTCTGATCGTCGGTGAAACCGGCTGCGGGAAGAGCTCACAAGTTCCTCAGTTTTTACTCGAAGCAAACATTGAGCCAATAATATGTACACAACCAAGGAGGTTTGCTGTGGTGGCAGTTGCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

947 aa · LXL04_018888|LXL04_018888|OH1004|PROTEIN

MAASSSSSALESSSSTSSSSSDNFRNLPIMSLRSKIVEKIMENRVTLIVGETGCGKSSQVPQFLLEANIEPIICTQPRRFAVVAVAKMVAQARNCTTGGEVGYHIGHSKVISSSSKIIFKTAGVLLEEMREKGMNALKYKVIILDEVHERSVESDLVLVCVKQFMIKNSGLRVVLMSATADISRYKDYFKDLGRGERVEVLGIPSSSQHTLYQRRVSYLEQVVDLLNMDSELPLSLKYCSGSTPSSEATMNDEVHKLIHN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018888`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018888

位置 Chr04:19622917-19630403 (+)

描述 Similar to At2g47680: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47680`	DExH-box ATP依赖性 RNA 解旋酶 DExH8。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0256800`	含锌指CCCH结构域的蛋白质4。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018888 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001731 formation of translation preinitiation complex 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0042255 ribosome assembly 生物过程

GO:0045948 positive regulation of translational initiation 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016282 eukaryotic 43S preinitiation complex 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

aag:5577484

ath:AT2G47680

hsa:54505

mmu:218629

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.504

排名 1 · LXL04_018888 · OH-1004

细胞核0.476

排名 2 · LXL04_018888 · OH-1004

线粒体0.089

排名 3 · LXL04_018888 · OH-1004

过氧化物酶体0.045

排名 4 · LXL04_018888 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 5 · LXL04_018888 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD34-185 aa

PF00271.38Helicase_C269-386 aa

PF00642.31zf-CCCH732-753 aa

PF18345.8zf_CCCH_4734-752 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018888	`PF00270.36`	DEAD	34	185	1.2e-08	35.6
LXL04_018888	`PF00271.38`	Helicase_C	269	386	1.6e-13	51.6
LXL04_018888	`PF00642.31`	zf-CCCH	732	753	4.9e-08	33.4
LXL04_018888	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	734	752	3.1e-09	37.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22243`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH8	57.082%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1EHT7`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 4	53.556%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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