LXL04_018883 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018883

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19601448-19604336 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1296 bp · LXL04_018883|LXL04_018883|OH1004|cDNA

atgacctattatgGTGAGACTAcggtcatcttctccggttatACAAGGGAAAAAAGAAAGAGTGTAAACCCTCGCCGGCACACCGGGAGTTCCATACCGTCCGCCTCCCAATTGCTTGCTTGCCTCGCCATGGACGCGACAGATATGGACGTAGAAGTAAATGAAGAACATAACCGCATTATTCCCGATTCCAATAGCTCGTCGAAGCGATTTGCATTAAAAAACTCCATTCAAACCAATTTCGGTGATGATTACGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · LXL04_018883|LXL04_018883|OH1004|CDS

ATGACCTATTATGGTGAGACTACGGTCATCTTCTCCGGTTATACAAGGGAAAAAAGAAAGAGTGTAAACCCTCGCCGGCACACCGGGAGTTCCATACCGTCCGCCTCCCAATTGCTTGCTTGCCTCGCCATGGACGCGACAGATATGGACGTAGAAGTAAATGAAGAACATAACCGCATTATTCCCGATTCCAATAGCTCGTCGAAGCGATTTGCATTAAAAAACTCCATTCAAACCAATTTCGGTGATGATTACGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

431 aa · LXL04_018883|LXL04_018883|OH1004|PROTEIN

MTYYGETTVIFSGYTREKRKSVNPRRHTGSSIPSASQLLACLAMDATDMDVEVNEEHNRIIPDSNSSSKRFALKNSIQTNFGDDYVFQIVPKEDWTSMAVSLSSNTVKLYSPVTGQFVGECCRGQHSDSINHILFSGNILHTCSSDGTLRAWDTRSYQQVSCLNAGPSQEIFSFSFGGSGDNLLAAGCKSQILFWDWRNKKQVACLEESHLDDVTQVHFVPNEKNKLISASIDGLICTFDASGDINDDESMQSVINVETS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018883`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018883

位置 Chr04:19601448-19604336 (-)

描述 Similar to GTS1: WD repeat-containing protein GTS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47790`	参与植物生长发育的控制。	GIGANTUS1 (GTS1), a member of Transducin/WD40 protein superfamily, controls seed germination, growth and biomass accumulation through ribosome-biogenesis protein interactions in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-37

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018883 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0040008 regulation of growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47790

bta:539045

ddi:DDB_G0283635

mmu:72338

rno:314243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.799

排名 1 · LXL04_018883 · OH-1004

细胞质0.314

排名 2 · LXL04_018883 · OH-1004

线粒体0.035

排名 3 · LXL04_018883 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 4 · LXL04_018883 · OH-1004

溶酶体／液泡0.021

排名 5 · LXL04_018883 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz76-299 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st94-290 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR596-292 aa

PF24796.2WDR5597-290 aa

PF24814.2WD40_Prp1998-233 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3101-203 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st102-242 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd125-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018883	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	76	299	3.1e-12	47.1
LXL04_018883	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	94	290	2.3e-11	44.3
LXL04_018883	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	96	292	8.8e-19	68.6
LXL04_018883	`PF24796.2`	WDR55	97	290	1.8e-10	41.1
LXL04_018883	`PF24814.2`	WD40_Prp19	98	233	2.8e-12	47.0
LXL04_018883	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	101	203	1.1e-14	54.8
LXL04_018883	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	102	242	3.9e-16	60.0
LXL04_018883	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	125	196	4.5e-09	36.7
LXL04_018883	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	138	308	1.7e-07	31.6
LXL04_018883	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	144	229	3.9e-07	30.6
LXL04_018883	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	168	236	3.7e-11	43.7
LXL04_018883	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	169	309	1.1e-14	54.8
LXL04_018883	`PF29037.1`	DSE1_N	181	255	1.6e-06	28.2
LXL04_018883	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	182	241	4e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q944S2`	拟南芥	WD repeat-containing protein GTS1	62.760%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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