LXL04_018836 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018836

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18936579-18937715 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · LXL04_018836|LXL04_018836|OH1004|cDNA

ATGTTGTTTCACAGCCAAGCTATTTCTTCTCAATTCAACGCATCTAGAACCTCGACTACATTTAGGTTATGGATTCAATTCACCGCTTCAATTTCAAGTCTGAAAGTAGTTTGGCGTAGAGACCAGAAGCTAGACCAAGCAATCGAGAACGATAAAGCATGGCGACAATGTGCAAAAGTCGTTAAAGAGGTGTTAAATGAACCAGGTAACGTAATCCCTCTTCGGTATTTAGAGAAACGCCGTGAGCGATTACGACTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · LXL04_018836|LXL04_018836|OH1004|CDS

ATGTTGTTTCACAGCCAAGCTATTTCTTCTCAATTCAACGCATCTAGAACCTCGACTACATTTAGGTTATGGATTCAATTCACCGCTTCAATTTCAAGTCTGAAAGTAGTTTGGCGTAGAGACCAGAAGCTAGACCAAGCAATCGAGAACGATAAAGCATGGCGACAATGTGCAAAAGTCGTTAAAGAGGTGTTAAATGAACCAGGTAACGTAATCCCTCTTCGGTATTTAGAGAAACGCCGTGAGCGATTACGACTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · LXL04_018836|LXL04_018836|OH1004|PROTEIN

MLFHSQAISSQFNASRTSTTFRLWIQFTASISSLKVVWRRDQKLDQAIENDKAWRQCAKVVKEVLNEPGNVIPLRYLEKRRERLRLPLKIQTFLSRNPGLFDVYYDRIKPKTEPVKFLKFSDQLQRVLHEEKRIHLENEQLLVAKLCKLLMMSKNNVVSADKLLHVKREFGFPNDILSNLVPKYPEYFKLNANSFLELVSWNPNFAKSVIEQRADNESESTGIKIRPSFNWKLPPGFYIRKEMREWIRDWMELPYISPYT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018836`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018836

位置 Chr04:18936579-18937715 (-)

描述 Similar to At4g01037: Protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01037`	RNA 结合蛋白参与 II 组内含子剪接。	暂无已核实直接文献
`At4g33495`	参与根原基发育过程中活跃细胞增殖的预先安排维持。	暂无已核实直接文献
`At2g39120`	RNA 结合蛋白参与 II 组内含子剪接。	A PORR domain protein required for rpl2 and ccmF(C) intron splicing and for the biogenesis of c-type cytochromes in Arabidopsis mitochondria.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04849.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0571100`	RNA 结合蛋白参与 II 组内含子剪接。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018836 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0017004 cytochrome complex assembly 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39120

ath:AT4G01037

ath:AT4G33495

dosa:Os05g0571100

osa:4339664

zma:100277394

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.650

排名 1 · LXL04_018836 · OH-1004

质体0.212

排名 2 · LXL04_018836 · OH-1004

细胞核0.100

排名 3 · LXL04_018836 · OH-1004

细胞质0.039

排名 4 · LXL04_018836 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_018836 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11955.14PORR40-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018836	`PF11955.14`	PORR	40	364	3.5e-107	358.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0MFS5`	拟南芥	Protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic	34.320%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q689D6`	拟南芥	Protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1	30.606%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUZ6`	拟南芥	Protein WHAT'S THIS FACTOR 9, mitochondrial	26.100%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q65XL5`	水稻	Protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic	33.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情